國有企業(yè)進行公司制改建時，通常面臨應付工資、應付福利費和職工教育經(jīng)費余額怎樣處理的敏感問題。對此，2005年1月26日，財政部曾經(jīng)針對2002年制定的《企業(yè)公司制改建有關(guān)國有資本管理與財務處理的暫行規(guī)定》（財企[2002]313號）作出補充通知（即財企[2005]12號），明確規(guī)定將應付工資余額區(qū)分為拖欠工資和工資基金結(jié)余兩種情況分別處理。但是，各地方、各企業(yè)以及職工個人仍然存有一些疑問。針對這種情況，財政部近日印發(fā)了《關(guān)于企業(yè)公司制改建應付工資等余額財務處理的意見》（財辦企[2006]23號），對相關(guān)財務處理進一步提出了處理意見，具體包括以下三項內(nèi)容：
一、企業(yè)應付工資余額包含應發(fā)未發(fā)工資與屬于實施“工效掛鉤”等分配辦法提取數(shù)大于應發(fā)數(shù)形成的工資基金結(jié)余兩個部分，前者是按照企業(yè)內(nèi)部工資獎金分配辦法應當支付給職工卻沒有支付而形成拖欠的工資，后者是按照計劃經(jīng)濟管理方式留存企業(yè)的國有資本積累。企業(yè)在公司制改建時，對應發(fā)未發(fā)工資應積極予以清償，對工資基金結(jié)余應轉(zhuǎn)為資本公積金。按工資總額一定比例提取的應付福利費及職工教育經(jīng)費，其余額也隨同工資基金結(jié)余一并轉(zhuǎn)為資本公積金。
企業(yè)在公司制改建中，應付工資等余額轉(zhuǎn)增的資本公積金作為改建企業(yè)國有凈資產(chǎn)的組成部分，應當統(tǒng)籌安排，用于支付解除勞動合同的職工經(jīng)濟補償金、為移交社會保障機構(gòu)管理的職工一次性繳付的社會保險費以及預提的符合國家政策規(guī)定內(nèi)退人員所需生活費、社會保險費等改革成本。如有結(jié)余，再按規(guī)定折合為國有股份，或者向企業(yè)員工及其他投資者有償轉(zhuǎn)讓。
二、改建企業(yè)應當規(guī)范操作，嚴格界定應發(fā)未發(fā)工資與工資基金結(jié)余的界限，并在評估作價之前作好相關(guān)賬務調(diào)整工作。
企業(yè)在《財政部關(guān)于〈企業(yè)公司制改建有關(guān)國有資本管理與財務處理的暫行規(guī)定有關(guān)問題〉的補充通知》（財企[2005]12號）下發(fā)之前已完成公司制改建，且結(jié)余的工資基金、應付福利費及職工教育經(jīng)費當時未結(jié)轉(zhuǎn)資本公積金的，現(xiàn)有余額應當向原國有股東作出清償后核銷相應負債，或者將其轉(zhuǎn)作國有獨享資本公積金，留待以后增資擴股時轉(zhuǎn)增國有股份。
三、已經(jīng)改建為有限責任公司的企業(yè)，再變更為股份有限公司時，應付工資等余額的財務處理，可以比照國有企業(yè)進行公司制改建的財務處理原則執(zhí)行。