在對基層行政事業(yè)單位的經(jīng)常性審計(jì)發(fā)現(xiàn)，基層行政事業(yè)單位會計(jì)核算中存在的問題主要表現(xiàn)以下幾個方面：
1、會計(jì)機(jī)構(gòu)設(shè)置簡單、專職會計(jì)人員少
由于受經(jīng)費(fèi)和人員限制，一些基層行政事業(yè)單位會計(jì)機(jī)構(gòu)設(shè)置簡單，缺乏必要的內(nèi)部稽核制度，有些單位會計(jì)人員只有一人，即是會計(jì)又是出納，既管帳又管錢，會計(jì)核算缺乏必要的監(jiān)督，出現(xiàn)了會計(jì)帳薄不健全，會計(jì)科目設(shè)置簡單的現(xiàn)象。
2、內(nèi)控制度不嚴(yán)
由于基層行政事業(yè)單位會計(jì)人員少，分工不細(xì)，內(nèi)控制度薄弱，制度執(zhí)行帶有隨意性，存在坐支收入，大額付現(xiàn)，不合規(guī)票據(jù)列支等較為普遍的違規(guī)現(xiàn)象。
3、固定資產(chǎn)管理問題嚴(yán)重
一些基層行政事業(yè)單位不重視固定資產(chǎn)的管理，對資產(chǎn)的購置、核銷、登記、保管無明確的制度，對新增和減少的固定資產(chǎn)不能及時建帳和核銷，造成單位財(cái)產(chǎn)不清，家底不明，固定資產(chǎn)流失嚴(yán)重。
上述問題的存在，不利于基層行政事業(yè)單位的發(fā)展，因此加強(qiáng)基層行政事業(yè)單位核算管理也是真正執(zhí)行《會計(jì)法》的必要措施。為此，審計(jì)建議：
1、 建議行政主管部門加大公共財(cái)政支出改革力度，完善會計(jì)核算制度，擴(kuò)大單位范圍，盡可能地把基層行政事業(yè)單位的財(cái)務(wù)工作納入會計(jì)結(jié)算中心統(tǒng)一核算，同時強(qiáng)化核算職能，改變結(jié)算中心只核算不監(jiān)督和服務(wù)弊端。
2、 基層行政事業(yè)單位要根據(jù)需要設(shè)置會計(jì)機(jī)構(gòu)，建立內(nèi)部稽核制度，記賬人員與經(jīng)濟(jì)業(yè)務(wù)事項(xiàng)和會計(jì)事項(xiàng)的審計(jì)人員，財(cái)務(wù)保管人員的職責(zé)權(quán)限應(yīng)當(dāng)明確，并相互分離，相互制約。
3、要不斷提高會計(jì)人員的素質(zhì)，抓好會計(jì)人員的繼續(xù)教育培訓(xùn)工作，引進(jìn)競爭機(jī)制，加強(qiáng)對會計(jì)人員的監(jiān)督和考核，實(shí)現(xiàn)會計(jì)人員持證上崗。
4、 加強(qiáng)基層單位的固定資產(chǎn)，建立完善的固定資產(chǎn)管理制度和實(shí)物資產(chǎn)備查帳，實(shí)行專人負(fù)責(zé)，避免國有資產(chǎn)的流失。
