會計制度規(guī)定，企業(yè)應繳的增值稅在“應交稅金———應交增值稅”科目核算，該科目下設“進項稅額”、“已交稅金”、“減免稅款”、“出口抵減內銷產(chǎn)品應納稅額”、“銷項稅額”、“出口退稅”、“進項稅額轉出”、“轉出未交增值稅”、“轉出多交增值稅”等專欄，同時設“應交稅金———未交增值稅”科目，核算企業(yè)當月未繳或多繳的增值稅。但對稅務機關查補的增值稅會計處理未作明確規(guī)定。
稅法規(guī)定，增值稅一般納稅人在稅務機關對其增值稅納稅情況進行檢查后，凡涉及增值稅賬務調整的，應設立“應交稅金———增值稅檢查調整”專門賬戶。凡檢查后應調減賬面進項稅額或調增銷項稅額和進項稅額轉出的數(shù)額，借記有關科目，貸記本科目；凡檢查后應調增賬面進項稅額或調減銷項稅額和進項稅額轉出的數(shù)額，借記本科目，貸記有關科目；全部調賬事項入賬后，應結出本賬戶的余額，并對該余額進行處理。
若余額在借方，全部視同留抵進項稅額，按借方余額數(shù)，借記“應交稅金———應交增值稅（進項稅額）”科目，貸記本科目；若余額在貸方，且“應交稅金———應交增值稅”賬戶無余額，按貸方余額數(shù)，借記本科目，貸記“應交稅金———未交增值稅”科目；若余額在貸方，“應交稅金———應交增值稅”賬戶有借方余額且等于或大于這個貸方余額，按貸方余額數(shù)，借記本科目，貸記“應交稅金———應交增值稅”科目；若余額在貸方，“應交稅金———應交增值稅”賬戶有借方余額但小于這個貸方余額，應將這兩個賬戶的余額相沖，其差額貸記“應交稅金———未交增值稅”科目。上述賬務調整應按納稅期逐期進行。
此外，《國家稅務總局關于增值稅一般納稅人發(fā)生偷稅行為如何確定偷稅數(shù)額和補稅罰款的通知》（國稅發(fā)[1998]66號）規(guī)定，偷稅款的補征入庫，應當視納稅人不同情況處理，即：根據(jù)檢查核實后一般納稅人當期全部的銷項稅額與進項稅額（包括當期留抵稅額），重新計算當期全部應納稅額，若應納稅額為正數(shù)，應當作補稅處理；若應納稅額為負數(shù)，應當核減期末留抵稅額。
例：2004年2月，某市國稅稽查局對甲公司（工業(yè)企業(yè)，增值稅一般納稅人）2003年度繳納增值稅的情況進行檢查時發(fā)現(xiàn)：2003年12月，甲公司存貨發(fā)生非正常損失，全部記入“營業(yè)外支出”科目，其中包括增值稅進項稅額2000元；將自產(chǎn)產(chǎn)品作為福利發(fā)放給職工，未按視同銷售進行稅務處理，少計算增值稅銷項稅額3000元；
甲公司2003年12月底“應交稅金———應交增值稅”科目為借方余額1000元。據(jù)此，稽查局作出補繳增值稅4000元，加收滯納金和罰款6000元的決定。甲公司當即繳納了上述稅款、滯納金和罰款。賬務處理為：
轉出非正常損失存貨的增值稅進項稅額：
借：以前年度損益調整2000
貸：應交稅金———增值稅檢查調整2000
補提視同銷售的增值稅銷項稅額：
借：應付福利費3000
貸：應交稅金———增值稅檢查調整3000
此時，“應交稅金———增值稅檢查調整”明細科目的貸方余額為5000元，當期（2003年12月）“應交稅金———應交增值稅”科目的借方余額為1000元，將“應交稅金———增值稅檢查調整”科目余額沖銷“應交稅金———應交增值稅”科目借方余額，差額轉入“應交稅金———未交增值稅”科目：
借：應交稅金———增值稅檢查調整5000
貸：應交稅金———應交增值稅1000
應交稅金———未交增值稅4000
繳納查補的增值稅、滯納金和罰款：
借：應交稅金———未交增值稅4000
營業(yè)外支出6000
貸：銀行存款10000
有關企業(yè)所得稅和留存收益的會計處理，略。
甲公司申報2003年企業(yè)所得稅時，應調減應納稅所得額2000元；申報2004年企業(yè)所得稅時，因稅款的滯納金和罰款不得稅前扣除，應調增應納稅所得額6000元。