目前，一些營利性醫(yī)院在經(jīng)濟(jì)管理上存在著不同程度的不規(guī)范、制度不完善的問題。由于國家還沒有一套正規(guī)的適于營利性醫(yī)院的財務(wù)管理辦法，因而營利性醫(yī)院各自為政，現(xiàn)狀較為混亂。有些醫(yī)院沿用全民所有制（公司）的那套會計制度和財務(wù)制度，完全體現(xiàn)著福利性這方面的核算方法。有些醫(yī)院實(shí)行的財務(wù)制度，則完全體現(xiàn)投入、產(chǎn)生、盈利這種純盈利的核算方法。有些醫(yī)院采用上述兩種財務(wù)核算管理辦法，一方面對付衛(wèi)生主管部門，另一方面適應(yīng)工商、財稅部門的需要。上述三種核算方法主要的缺陷反映在營利性醫(yī)院既不是福利性，又不是盈利性，出現(xiàn)“二不像”的現(xiàn)象。

　　根據(jù)財政部、國家稅務(wù)總局的規(guī)定，營利性醫(yī)院自開業(yè)之日起三年內(nèi)經(jīng)有關(guān)部門批準(zhǔn)，對取得的醫(yī)療收入免征營業(yè)稅，對自用的房產(chǎn)、土地、車船免征房產(chǎn)稅、土地使用稅和車船使用稅。但是在執(zhí)行過程中，各個地方稅務(wù)部門各有差異，且變化無常。有些地方稅務(wù)部門開始免納有關(guān)稅收，但過了兩三個月又說需納地方水利基金和地方養(yǎng)老基金，營業(yè)稅雖免，但必須先征后退；有的地方營利性醫(yī)院不僅要納“兩金”，而且還要納城市建設(shè)維護(hù)基金和教育費(fèi)附加；有些稅務(wù)部門認(rèn)為，相關(guān)文件不適用于2002年及以后創(chuàng)建的營利性醫(yī)院。以上幾種做法把營利性醫(yī)院搞得暈頭轉(zhuǎn)向。國家的稅務(wù)政策與地方的執(zhí)行有一定的距離。

　　營利性醫(yī)院收費(fèi)標(biāo)準(zhǔn)應(yīng)有一定的靈活、機(jī)動性。醫(yī)療服務(wù)收費(fèi)的靈活、機(jī)動性是指營利性醫(yī)院醫(yī)療服務(wù)收費(fèi)項(xiàng)目標(biāo)準(zhǔn)在政策規(guī)定的基礎(chǔ)上，既可上浮，也可下浮的一種收費(fèi)方法。既然是營利性醫(yī)院，那么無可非議是要“營利”，這是與非營利性醫(yī)院的最大區(qū)別之一。如對某些醫(yī)療項(xiàng)目適當(dāng)提高一些，既是適應(yīng)市場經(jīng)濟(jì)的需要，也是醫(yī)療市場經(jīng)濟(jì)競爭中的產(chǎn)物。但一些地方的物價部門卻認(rèn)為，收費(fèi)標(biāo)準(zhǔn)必須按省定標(biāo)準(zhǔn)執(zhí)行。在醫(yī)療服務(wù)收費(fèi)標(biāo)準(zhǔn)上，非營利性醫(yī)院和營利性醫(yī)院搞一刀切是不恰當(dāng)?shù)?。只有體現(xiàn)醫(yī)療收費(fèi)的靈活、機(jī)動性，營利性醫(yī)院才有生命力。

　　建立營利性醫(yī)院會計制度和財務(wù)制度的思路：建立營利性醫(yī)院的會計制度和財務(wù)制度，主要體現(xiàn)在會計科目設(shè)置及應(yīng)用和財務(wù)報告的設(shè)置。由于營利性醫(yī)院具有兩重性質(zhì)，即福利性和營利性。因此，在設(shè)置會計科目上也應(yīng)該體現(xiàn)這種兩重性質(zhì)。但首先要突出醫(yī)院福利性這一方面。因此，建立營利性醫(yī)院“兩制”應(yīng)在現(xiàn)行的非營利性醫(yī)院“兩制”的基礎(chǔ)上，參考企業(yè)“兩制”有關(guān)內(nèi)容進(jìn)行。

　　會計制度應(yīng)增設(shè)以下核算科目：為了正確核算固定資產(chǎn)的凈值情況，需增設(shè)“累計折舊”科目；為了反映稅金核算的發(fā)生額、交納額及期末未交稅金余額，需增設(shè)“應(yīng)交稅金”總分類賬科目。并在此科目下面設(shè)置“營業(yè)稅”等明細(xì)科目；為了正確全面反映醫(yī)院的投資情況，需增設(shè)“投入資本”科目（獨(dú)資形式辦醫(yī)，可設(shè)“業(yè)主資本”）；為了正確核算凈資產(chǎn)的實(shí)有數(shù)和分配情況，需增設(shè)“事業(yè)公積”科目；為了正確反映投資者分紅利益，需增設(shè)“應(yīng)付營利”科目：“管理費(fèi)用”科目增設(shè)“稅金”明細(xì)科。

　　刪減科目：由于營利性醫(yī)院病人欠費(fèi)、逃費(fèi)現(xiàn)象不多，即使發(fā)生欠、逃費(fèi)，財政等部門也不會給予補(bǔ)助，因此可刪除“壞賬準(zhǔn)備”科目。如果有發(fā)生，可直接在“其他支出”科目列支：“應(yīng)繳超收款”科目是對非營利性醫(yī)院藥品收入超過核定指標(biāo)，應(yīng)上繳的那部分超收而言，對營利性醫(yī)院無多大意義，可刪除；由于固定資產(chǎn)直接核算購入或由在建工程完工轉(zhuǎn)入數(shù)，同時執(zhí)行折舊制度，因此“固定基金”這一科目可刪除；取消“事業(yè)基金”科目，如發(fā)生滾存結(jié)余及期末分配結(jié)余轉(zhuǎn)入的數(shù)額，可在“專用資金”-“事業(yè)發(fā)展資金”科目下核算；取消“財政補(bǔ)助收入”和“財政補(bǔ)助支出”兩個總分類賬科目。

　　由于營利性醫(yī)院大多是合伙、合資、股份制、聯(lián)營、獨(dú)資等形式辦醫(yī)，難免出現(xiàn)撤銷、停辦之現(xiàn)象。在出現(xiàn)上述情況后，就會引起財務(wù)清算事宜。為了不使所有者權(quán)益承受損失，財務(wù)清算必須認(rèn)真、確切、有條不紊地進(jìn)行。至于財務(wù)清算的處理，完全可以依照《醫(yī)院財務(wù)制度》辦法執(zhí)行。