經(jīng)濟責任審計對象按單位性質(zhì)基本可分為行政事業(yè)單位領(lǐng)導人的經(jīng)濟責任審計；縣市區(qū)長的經(jīng)濟責任審計和企業(yè)領(lǐng)導人的經(jīng)濟責任審計。由于不同類型的被審計對象呈現(xiàn)出各自不同的特點，在審計實務(wù)中，就要針對各自的特點選擇與之相適用的審計方法。

　　一、基本分析法

　　這類審計方法，主要運用于行政事業(yè)單位領(lǐng)導人的經(jīng)濟責任審計。行政事業(yè)單位的特點是：承擔著國家宏觀經(jīng)濟管理和行政執(zhí)法的職責，或者擔負一定社會公益的職能。經(jīng)費全部或絕大部分由財政供給，有一部分規(guī)費收入和罰沒收入，按現(xiàn)行財政管理體制各單位的規(guī)費收入和罰沒收入實行財政“收支兩條線”管理辦法。

　　基本分析法，就是要針對行政事業(yè)單位的以上特點，首先了解單位的人員編制情況，結(jié)合人員編制情況，分析經(jīng)費中人員經(jīng)費是否合理。其次是了解單位的行政職能和管轄范圍，對比分析公務(wù)費開支的合理性。第三是了解維持行政職能的資產(chǎn)總量是多少，財政核定的年度經(jīng)費預算額度和有無專項資金收入，分析研究領(lǐng)導任期內(nèi)主要財務(wù)收支活動的合理合法性。

　　在以上基本分析的基礎(chǔ)上，對變動比較大和顯著不合理的地方，再采用常規(guī)審計手段進行深入核實，調(diào)查取證。對一些宏觀經(jīng)濟管理部門和有一定收入的事業(yè)單位，需要分析的內(nèi)容要復雜一點，但是按照基本分析法的邏輯思路，仍然可以達到提高效益的目的。

　　二、指標修正法

　　縣、市區(qū)長做為一級行政區(qū)域的行政首長，全面負責一個地區(qū)的經(jīng)濟工作，其擔負的經(jīng)濟責任有其自身的特點：

　　一是經(jīng)濟責任評價指標內(nèi)容廣泛，往往涉及到一個或幾個指標體系，有些指標是建立在有完備會計資料基礎(chǔ)上的財政財務(wù)收支指標。

　　二是經(jīng)濟責任評價指標的綜合性強，如國內(nèi)生產(chǎn)總值、人均GDP指標、經(jīng)濟增長率、財政收支規(guī)模等，單純地通過對其行政區(qū)域內(nèi)的財政收支活動來評價領(lǐng)導者的經(jīng)濟責任，既不全面也不準確。只有對業(yè)已形成的完備的指標體系進行必要的審核修正，才能用這些量化的經(jīng)濟指標來評價和界定被審計對象的責任，這樣的評價才具有全面性、客觀性，才可以防范以偏概全、以點帶面造成的審計風險。

　　采用指標修正法，就是在運用綜合經(jīng)濟指標對縣、市區(qū)長經(jīng)濟責任進行評價時，不能照搬照抄業(yè)已形成的各項指標形成審計評價結(jié)論，而是對需要運用的指標分類進行處理，對有健全會計資料的財政、財務(wù)收支，專項投資等重要經(jīng)濟指標，應(yīng)當堅持運用審計手段進行查證核實，對建立在統(tǒng)計基礎(chǔ)上的社會經(jīng)濟發(fā)展指標，要運用抽樣調(diào)查、因素分析等方法，對重要經(jīng)濟指標的可信度進行驗證，對明顯有粗估冒算、泡沫水分的虛假經(jīng)濟指標，要堅決予以修正，以防止由于運用了虛假的經(jīng)濟指標而對被審計對象得出錯誤的評價結(jié)論。

　　三、結(jié)果利用法

　　在經(jīng)濟責任審計中，存在著被審計單位的領(lǐng)導干部任職期間長、責任范圍廣的問題。要在有限的審計時間內(nèi)，全面、完整、真實地評價和界定被審計單位責任人的經(jīng)濟責任，就需要充分地利用已有的審計結(jié)果和其它與經(jīng)濟責任相聯(lián)系的結(jié)論。

　　一是在縣市區(qū)長經(jīng)濟責任審計中，要分析利用各類專業(yè)審計的審計結(jié)果，因為專業(yè)審計往往在某一方面著力較多，查處較細，對違紀違規(guī)問題反映比較全面。如對虛增財政收支規(guī)模、擠占預算專項資金、自立收費項目等問題，主要分析運用原財政預算決算審計、專項資金審計和投資項目審計的結(jié)論。

　　二是對任期較長的領(lǐng)導干部經(jīng)濟責任審計中，審計人員要對被審計對象任職期間已進行過的各類審計結(jié)果（包括上級審計機關(guān)的專門審計和本級審計機關(guān)的階段性審計）和紀檢監(jiān)察部門的結(jié)論，以及法院對該單位涉及經(jīng)濟問題的判決都要進行收集整理，對與經(jīng)濟責任審計評價有聯(lián)系的結(jié)論都要進行認真的分析研究，對內(nèi)容翔實、結(jié)論可靠的就要加以利用，對違紀問題表述含糊，運用法規(guī)不適當，結(jié)論可靠性有疑問的要進行必要的審計復核和審計調(diào)查，在充分甄別的基礎(chǔ)上，決定取舍。

　　三是對企業(yè)領(lǐng)導人的經(jīng)濟責任審計中，要充分利用社會審計組織的審計結(jié)果。

　　四、線索篩選法

　　由于經(jīng)濟責任審計是人格化的審計，審計的范圍超出了單位財政、財務(wù)收支的范疇，審計的對象直接針對的是被審計單位的主要領(lǐng)導干部所承擔責任的經(jīng)濟活動，在審計實施前，要向紀檢等部門發(fā)徇證函，在進點后要進行審前公告，要求被審計單位對提供的會計資料的完整性、真實性實行審計承諾，這些方法的運用拓展了審計發(fā)現(xiàn)問題的途徑。但是對多種途徑匯集來的各種問題線索要進行篩選，把那些確實與被審計對象經(jīng)濟責任有關(guān)系的問題進行整理，在審計中加以關(guān)注或者進行必要的調(diào)查核實，以增強經(jīng)濟責任審計中對領(lǐng)導干部廉政問題的評價內(nèi)容。

　　但對以下問題的線索要進行必要的處理：

　　一是不屬于領(lǐng)導干部經(jīng)濟責任范疇內(nèi)的問題，如人事安排問題、濫用行政職權(quán)問題，要移送有法定職權(quán)的部門進行處理。

　　二是與本單位或領(lǐng)導人員負主管責任的下屬單位的財政、財務(wù)收支沒有關(guān)系的問題，審計不予涉及。

　　三是與責任人個人廉政行為沒有經(jīng)濟關(guān)系的問題，一般不予涉及。對涉及責任人負有主管責任的所屬單位的干部個人經(jīng)濟問題，如果是在審計范圍之內(nèi)的，必須進行查處，是審計范圍之外的要將有關(guān)材料移送有管轄權(quán)的部門進行處理，發(fā)現(xiàn)有明顯犯罪事實的可移送司法部門進行處理。四是對與被審計單位和責任人有牽連的重要經(jīng)濟問題在審計過程中，要予以重點落實。