按照現(xiàn)行所知的燃油稅實施方案，所有零售燃油都將以加收燃油稅的價格出售，而對農(nóng)業(yè)、城市公交等特殊部門的用油進行補貼。但問題是，這種做法不僅在制定不同部門的補貼標準上難以均衡，也很復雜。海南省在最初實施燃油附加費的時候,對汽柴油均進行征收,但是在開征數(shù)月后,由于政府不能有效解決農(nóng)民用柴油負擔增加問題,即恢復對柴油車征收公路養(yǎng)路費,原設計的退費方案因缺乏可操作性而難以實施。
此外，還存在一些問題。比如，軍車用油的價格如何確定？能否完全杜絕“軍地”混用？使用天然氣的車輛是否還征收養(yǎng)路費？如何杜絕燃油走私的現(xiàn)象？
開征燃油稅，其出發(fā)點是為了公平用車，多跑多出錢，少跑少出錢。但也有人提出，燃油稅比養(yǎng)路費公平嗎？美國ＡＡＳＨＯ道路實驗所的研究表明，路面的破壞幾乎完全是由重型車輛造成的，例如,48000磅的車重量是4000磅車的12倍,但是就各自對路面的破壞成本情況看,前者的程度遠大于后者12倍,而耗油并非同樣如此變化。對不同噸位的車輛按同一稅率征收燃油稅則產(chǎn)生實質(zhì)性不公平。
據(jù)了解，英國已實行了車輛里程稅,即根據(jù)車輛的重量、軸數(shù)、尾氣排放標準等因素制定合理的稅率結(jié)構(gòu),按照車輛的實際行駛里程數(shù),征收道路使用稅。在需要征稅的車輛上安裝一個計費芯片。按照我國目前的科技發(fā)展水平，這一點也并不難做到。2001年,瑞士開征了卡車道路使用者稅,根據(jù)車輛重量和尾氣排放標準制定稅率結(jié)構(gòu),按照車輛實際行駛里程數(shù)計稅；德國在2003年引入了卡車道路使用者稅；澳大利亞也在2004年開征了卡車道路使用者稅。
重量里程稅比燃油稅更科學地解決了公路成本的合理攤派問題。俄勒岡、紐約、肯塔基、新墨西哥州等是美國目前征收重量里程稅的幾個州。美政府已經(jīng)開始討論從總體上以重量里程稅代替目前以燃油稅為主要方式的聯(lián)邦公路稅收體系，以更能體現(xiàn)稅負的社會公平性。
既然，我國已經(jīng)晚于世界上許多國家開征燃油稅，何不充分借鑒國際上已經(jīng)使用的先進做法，更有效、更合理地制定相關政策，制定出一套先進、科學的費改稅方案？
