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是允許抵扣增值稅的。根據《中華人民共和國稅收法》第十六條的規(guī)定，取得準予抵扣的增值稅專用發(fā)票的納稅人，可以在申報納稅的月份或者季度，按照稅收征收管理機關規(guī)定的程序，申請從應納稅額中減掉等額的增值稅額。因此，實際上由分公司來提供業(yè)務服務，開具增值稅專用發(fā)票的，發(fā)包方取得分公司的增值稅專用發(fā)票，可以抵扣增值稅。 在這種情況下，分公司應當按照稅務機關的規(guī)定認真履行合同，并及時向稅務機關申報繳納稅款。此外，鑒于實際上由分公司開具增值稅專用發(fā)票，開具的發(fā)票的真實完整與否，應當關注分公司的稅務備案等。