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是允許抵扣增值稅的。根據(jù)《中華人民共和國稅收法》第十六條的規(guī)定，取得準(zhǔn)予抵扣的增值稅專用發(fā)票的納稅人，可以在申報納稅的月份或者季度，按照稅收征收管理機(jī)關(guān)規(guī)定的程序，申請從應(yīng)納稅額中減掉等額的增值稅額。因此，實(shí)際上由分公司來提供業(yè)務(wù)服務(wù)，開具增值稅專用發(fā)票的，發(fā)包方取得分公司的增值稅專用發(fā)票，可以抵扣增值稅。 在這種情況下，分公司應(yīng)當(dāng)按照稅務(wù)機(jī)關(guān)的規(guī)定認(rèn)真履行合同，并及時向稅務(wù)機(jī)關(guān)申報繳納稅款。此外，鑒于實(shí)際上由分公司開具增值稅專用發(fā)票，開具的發(fā)票的真實(shí)完整與否，應(yīng)當(dāng)關(guān)注分公司的稅務(wù)備案等。