1.金融機構(gòu)貸款利息收入逾期90天沖減收入的企業(yè)所得稅問題。
根據(jù)新《企業(yè)所得稅法實施條例》第十八條規(guī)定，利息收入應(yīng)按照合同約定的債務(wù)人應(yīng)付利息的日期確認收入的實現(xiàn)。新《企業(yè)所得稅法》實施后，《國家稅務(wù)總局關(guān)于金融保險企業(yè)所得稅有關(guān)業(yè)務(wù)問題的通知》（國稅函〔2002〕960號）第一條規(guī)定已失效。即以下兩條有關(guān)“金融企業(yè)貸款利息收入的所得稅處理”失效：金融企業(yè)發(fā)放的貸款，應(yīng)按期計算利息并計入當期應(yīng)納稅所得額。發(fā)放的貸款逾期（含展期，下同）90天尚未收回的，此前（含90天）發(fā)生的應(yīng)收未收利息應(yīng)按規(guī)定計入當期應(yīng)納稅所得額；此后發(fā)生的應(yīng)收未收利息不計入當期應(yīng)納稅所得額，待實際收回時再計入當期應(yīng)納稅所得額。
金融企業(yè)已經(jīng)計入應(yīng)納稅所得額或已按規(guī)定繳納企業(yè)所得稅的應(yīng)收未收利息，如逾期90天（不含90天）仍未收回的，準予沖減當期的應(yīng)納稅所得額。
因此，金融機構(gòu)對2008年度貸款利息收入逾期90天沖減收入的，要進行納稅調(diào)整。
2.保障成品油市場供應(yīng)財政補貼的涉稅處理。
為保障成品油市場供應(yīng)，國家對中國石油天然氣集團公司所屬企業(yè)進口原油、成品油和加工原油進行財政補貼。進口成品油企業(yè)包括中國石油天然氣股份有限公司華東銷售分公司、華南銷售分公司、東北銷售分公司、西北銷售分公司。對于為保障成品油市場供應(yīng)而給予的財政補貼應(yīng)根據(jù)《財政部國家稅務(wù)總局關(guān)于財政性資金、行政事業(yè)性收費、政府性基金有關(guān)企業(yè)所得稅政策問題的通知》（財稅〔2008〕151號）、《財政部國家稅務(wù)總局關(guān)于專項用途財政性資金有關(guān)企業(yè)所得稅處理問題的通知》（財稅〔2009〕87號）的規(guī)定，重點復核上述財政補貼是否符合不征稅收入條件和補貼資金使用情況。不符合條件的補貼收入應(yīng)作為當期收入征稅；符合條件的不征稅收入，其用于支出所形成的費用，不得在計算應(yīng)納稅所得額時扣除，用于支出所形成的資產(chǎn)，其計算的折舊、攤銷不得在計算應(yīng)納稅所得額時扣除。
3.企業(yè)職工報銷私家車燃油費的企業(yè)所得稅處理。
2008年1月1日（不含）以前，根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于企事業(yè)單位公務(wù)用車制度改革后相關(guān)費用稅前扣除問題的批復》（國稅函〔2007〕305號）規(guī)定，企事業(yè)單位公務(wù)用車制度改革后，在規(guī)定的標準內(nèi)，為員工報銷的油料費、過路費、停車費、洗車費、修理費和保險費等相關(guān)費用以及以現(xiàn)金或?qū)嵨镄问桨l(fā)放的交通補貼，均屬于企事業(yè)單位的工資、薪金支出，應(yīng)一律計入企事業(yè)單位的工資總額，按照現(xiàn)行的計稅工資標準進行稅前扣除。
另外，根據(jù)《財政部國家稅務(wù)總局關(guān)于調(diào)整企業(yè)所得稅工資支出稅前扣除政策的通知》（財稅〔2006〕126號）的規(guī)定，2007年12月12日以前，企業(yè)計稅工資要受月人均1600元的限制，由于企業(yè)員工人均月工資普遍超過1600元，在實際計算繳納所得稅時，企業(yè)實行車改后為員工報銷的燃油費基本上會因為超過限額，而被作為工資部分的應(yīng)納稅所得額調(diào)增回來補稅，企業(yè)實際上享受不到扣除減免。
例如，2007年某企業(yè)當年有員工100人，人均月工資2000元，全年發(fā)放2000×12×100÷10000＝240（萬元），人均月報銷燃油費200元，全年發(fā)放200×12×100÷10000＝24（萬元），當年工資總額為264萬元，工資允許稅前扣除限額1600×12×100÷10000＝192（萬元），在申報所得稅時調(diào)增應(yīng)納稅所得額72萬元，可以看出企業(yè)給予報銷的24萬元燃油費都并入應(yīng)稅所得繳納了所得稅。
2008年1月1日（含）以后，根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)工資薪金及職工福利費扣除問題的通知》（國稅函〔2009〕3號）規(guī)定，企業(yè)為員工報銷的燃油費，應(yīng)作為職工交通補貼在職工福利費中扣除。
這對于福利費使用不足的企業(yè)而言顯然是利好，只要企業(yè)實際支出的職工福利費不超過工資、薪金總額的14%，而且按規(guī)定用途使用，都可以在稅前扣除。
例如，2009年某企業(yè)當年有員工100人，人均月工資2000元，全年工資總額2000×12×100÷10000＝240（萬元），人均月報銷燃油費200元，全年發(fā)放200×12×100÷10000＝24（萬元），當年已支出職工福利費8萬元，全年職工福利費合計32萬元＜福利費扣除限額240×14%＝33.6（萬元），可以全部扣除。當然了，如果企業(yè)當年支出職工福利費已經(jīng)較大，如發(fā)生15萬元了，那當年的職工福利費就達到39萬元，超標的39－33.6＝5.4（萬元）在申報企業(yè)所得稅時就需要做應(yīng)納稅所得額調(diào)整了。
4.對中華人民共和國境內(nèi)的保險企業(yè)將其承保的以境內(nèi)標的物為保險業(yè)務(wù)向境外再保險人辦理分保的業(yè)務(wù)，支付給境外保險的分保保費收入扣繳企業(yè)所得稅問題。
根據(jù)中華人民共和國主席令第63號《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》第三條第三款和第三十七條、原《外商投資企業(yè)和外國企業(yè)所得稅法》第三條和第十九條規(guī)定以及相關(guān)國家的稅收協(xié)定規(guī)定，對在中國境內(nèi)未設(shè)立機構(gòu)場所境外保險企業(yè)，以境內(nèi)標的物為保險業(yè)務(wù)，取得保費收入，應(yīng)扣繳預(yù)提所得稅。
5.金融機構(gòu)貸款轉(zhuǎn)為股權(quán)，計提壞賬準備金稅前扣除的問題。
對于金融機構(gòu)發(fā)放給公司的貸款，因企業(yè)到期未能還本形成的呆滯貸款，經(jīng)國有資產(chǎn)管理委員會批復，將貸款轉(zhuǎn)為該公司的股權(quán)，因未構(gòu)成實質(zhì)性的呆賬，對金融機構(gòu)已提取的壞賬準備金應(yīng)沖回，不得稅前扣除。
6.企業(yè)為職工購買人身意外險的企業(yè)所得稅前扣除問題。
根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈企業(yè)所得稅稅前扣除辦法〉的通知》（國稅發(fā)〔2000〕84號）第四十九條及新《企業(yè)所得稅法實施條例》第三十六條規(guī)定，除企業(yè)依照國家有關(guān)規(guī)定為特殊工種職工支付的人身安全保險費和國務(wù)院財政、稅務(wù)主管部門規(guī)定可以扣除的其他商業(yè)保險費（如為從事高危工種職工投保的工傷保險、為因公出差的職工按次投保的航空意外險）外，企業(yè)為投資者或者職工支付的商業(yè)保險費，不得在企業(yè)所得稅前扣除。
7.2008年工資稅前扣除方式改變的前后稅收銜接問題。
根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)工資薪金及職工福利費扣除問題的通知》（國稅函〔2009〕3號）第一條規(guī)定，工資薪金按實際發(fā)放為原則。如果企業(yè)將2007年度計提并已進行稅前扣除的工資，在2008年度實際發(fā)放時再次進行稅前扣除，應(yīng)進行納稅調(diào)整。基于此規(guī)定，如果企業(yè)在2009年度還是預(yù)提的話，在2009年度沒有實際發(fā)放的則要進行納稅調(diào)整。
8.金融保險企業(yè)開展的以業(yè)務(wù)銷售附帶贈送實物的行為，根據(jù)企業(yè)所得稅法規(guī)定，屬于企業(yè)廣告費和業(yè)務(wù)宣傳費支出，可以按規(guī)定比例稅前扣除。
9.企業(yè)與其他企業(yè)或個人共用水、電，無法取得水、電發(fā)票的，應(yīng)以雙方的租用合同、電力和供水公司出具給出租方的原始水、電發(fā)票或復印件、經(jīng)雙方確認的用水、電量分割單等憑證，據(jù)實進行稅前扣除。
10.企業(yè)向退休人員發(fā)放補助的稅前扣除問題。
根據(jù)新企業(yè)所得稅法實施條例第三十四條、《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈企業(yè)所得稅稅前扣除辦法〉的通知》（國稅發(fā)〔2000〕84號）第十八條規(guī)定，企業(yè)向退休人員發(fā)放的補助不得稅前扣除。退休人員取得的上述補助應(yīng)按規(guī)定扣繳個人所得稅。
11.金融企業(yè)向職工提供優(yōu)惠利率貸款的企業(yè)所得稅問題。
根據(jù)《中華人民共和國營業(yè)稅暫行條例實施細則》第十五條規(guī)定，金融企業(yè)給職工的優(yōu)惠利率貸款，應(yīng)按金融企業(yè)當月市場同類貸款利率取得的利息收入，進行企業(yè)所得稅納稅調(diào)整。
12.企業(yè)因解除勞動關(guān)系向職工支付的經(jīng)濟補償、生活補助的稅前扣除問題。
企業(yè)因解除勞動關(guān)系向職工支付的經(jīng)濟補償、生活補助等支出，應(yīng)根據(jù)《財政部國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)收取和交納的各種價內(nèi)外基金（資金、附加）和收費征免企業(yè)所得稅等幾個政策問題的通知》（財稅字〔1997〕022號）第三條規(guī)定，按勞動部關(guān)于《違反和解除勞動合同的經(jīng)濟補償辦法》規(guī)定支付給職工的經(jīng)濟補償金，可在企業(yè)所得稅稅前扣除。
13.2009年，企業(yè)自查調(diào)增的應(yīng)納稅所得額可以彌補以前年度虧損，調(diào)減的應(yīng)納稅所得額，若有多繳所得稅的暫不辦理退稅，抵減以后年度應(yīng)納稅額。