現(xiàn)階段在各審計項目中進行的計算機審計，雖然在技術(shù)和方法上對傳統(tǒng)審計有較大的影響和改變，但從審計程序方面來分析，計算機審計實施的過程仍然遵循傳統(tǒng)審計的工作程序，也就是說，計算機審計的過程仍可用審計準備、審計實施、審計報告三個階段來劃分。
按傳統(tǒng)審計的劃分方式，審計準備階段的任務是：派出審計人員進行審前調(diào)查，了解被審計單位基本情況，明確審計重點，研究制定審計實施方案，發(fā)出審計通知書。在實施
計算機審計時依然如此，只不過方法和內(nèi)容有所區(qū)別。具體工作內(nèi)容有：按審計調(diào)查組組內(nèi)分工，承擔實施計算機審計任務的審計人員要對被審計單位會計信息系統(tǒng)和業(yè)務信息系統(tǒng)進行全面調(diào)查和了解，并根據(jù)其他審計人員調(diào)查的內(nèi)容和重點，確定需要采集和轉(zhuǎn)換哪些數(shù)據(jù)，然后再進行數(shù)據(jù)的采集和轉(zhuǎn)換。從目前大多項目計算機審計的實施過程來看，采集轉(zhuǎn)換數(shù)據(jù)普遍采用了兩種方式：一是要求被審計單位按要求格式和內(nèi)容提供審計所需數(shù)據(jù)。二是經(jīng)數(shù)據(jù)庫管理員授權(quán)，由計算機審計人員直接進入被審計單位數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)提取數(shù)據(jù)。
實施計算機審計人員拿到需要的數(shù)據(jù)后，要根據(jù)審計需求進行數(shù)據(jù)整理。目前數(shù)據(jù)整理的方式大致有以下幾種方式：一是將采集的財務原始電子數(shù)據(jù)整理成和紙質(zhì)賬簿相似的電子賬簿，以供還未掌握數(shù)據(jù)庫操作技術(shù)的審計人員能夠使用電子數(shù)據(jù)進行審計分析。二是將采集的財務數(shù)據(jù)、業(yè)務數(shù)據(jù)再整理導入到專用審計軟件中，以供掌握該軟件操作的審計人員使用。三是將采集的財務數(shù)據(jù)、業(yè)務數(shù)據(jù)再整理成各種數(shù)據(jù)表，導入到通用的數(shù)據(jù)庫操作系統(tǒng)軟件（如SQL SERVER系統(tǒng)等）中，以供熟練掌握數(shù)據(jù)庫操作技術(shù)的審計人員使用。
在審計實施階段，審計人員要根據(jù)審計實施方案中的審計分工和審計重點，把計算機審計技術(shù)和傳統(tǒng)審計技術(shù)相結(jié)合，運用分析性測試程序和實質(zhì)性測試方法，對所采集轉(zhuǎn)換的報表、賬戶等電子財務數(shù)據(jù)和相關的業(yè)務數(shù)據(jù)進行檢索、查詢、計算、核對、匯總等，并根據(jù)審計經(jīng)驗對結(jié)果數(shù)據(jù)進行分析、推理和判斷，從中找出審計對象在進行經(jīng)濟活動時存在的問題疑點，加以確認和證實，并對照相關法規(guī)加以判斷，以確定其經(jīng)濟活動的真實性、合法性。這一階段計算機審計主要有以下內(nèi)容：一是定義、操作和分析電子數(shù)據(jù)，查找和證實審計對象存在的問題。二是編制審計日記和審計工作底稿，記錄審計過程。三是整理審計數(shù)據(jù)，形成審計證據(jù)。
在審計報告階段，審計人員通過篩選整理審計工作底稿，確認審計證據(jù)，并據(jù)以撰寫、提交審計報告，審計機關形成審計決定和審計意見書，并督促落實審計決定。在此階段，計算機審計人員要整理審計過程中所形成的原始數(shù)據(jù)、中間結(jié)果數(shù)據(jù)和最后結(jié)果數(shù)據(jù)，整理審計工作底稿和相應的審計證據(jù)數(shù)據(jù)，充分利用法規(guī)查詢系統(tǒng)資源提供準確、可靠的法律法規(guī)依據(jù)，并要為各類統(tǒng)計系統(tǒng)和檔案系統(tǒng)提供相應的原始數(shù)據(jù)。計算機審計工作內(nèi)容主要有：一、整理、存檔審計過程中形成的相關數(shù)據(jù)。二、為統(tǒng)計報表、檔案庫、專家經(jīng)驗庫等基礎資料庫提供相關數(shù)據(jù)。
