審計機關(guān)對國家建設(shè)項目實施跟蹤審計由來以久。實踐表明，跟蹤審計有利于及時糾正和改進有關(guān)問題，提高審計監(jiān)督效能。由于各地對跟蹤審計的認識不同，采取的審計方法也各異。有的審計人員參與工程管理和決策，有的審計小組參加工程招標的制定和審查，有的審計機關(guān)直接辦理工程預(yù)算和決算。這些工作看似審計的事前監(jiān)督，實際是審計行為的一種“越位”，看似審計效果不錯，實際審計風險很大。從審計理論上講，審計是一個獨立的監(jiān)督行為，也就是說審計首先應(yīng)獨立于經(jīng)濟管理活動之外，然后對經(jīng)濟活動進行審計監(jiān)督，審計如果參與了經(jīng)濟管理活動，不僅失去了審計的獨立性，而且也失去了審計監(jiān)督的基本職能，既當“裁判員”又當“運動員”，監(jiān)督也就無從談起。從審計實踐上講，首先，審計不是包打天下的“萬能者”，不能替代專業(yè)主管部門的職責，存在著行政執(zhí)法范圍上的風險；其次，審計人員由于專業(yè)水平、實踐經(jīng)驗等方面的限制，他所參與決策和發(fā)表意見是否正確值得思考，但在管理活動中卻代表了審計部門的意見，這將承擔工程管理連帶責任和廉政建設(shè)風險；再次，審計小組在具體審計事務(wù)上主要依靠社會中介組織的專業(yè)人員，而這些人員又代表審計部門執(zhí)法，審計部門在業(yè)務(wù)上又無法控制執(zhí)業(yè)人員，這樣所作出的審計結(jié)果存在著審計質(zhì)量風險。

　　既要充分發(fā)揮優(yōu)勢建設(shè)項目跟蹤審計的優(yōu)勢，又要切實防范各種審計風險，關(guān)鍵要正確處理好以下幾個方面的關(guān)系：

　　一、要處理好監(jiān)督與建議的關(guān)系。監(jiān)督是審計的基本職能，建設(shè)項目跟蹤審計要立足于審計監(jiān)督，通過監(jiān)督發(fā)現(xiàn)問題，針對審計查出的問題提改進的建議。在審計工作中，應(yīng)采取“審前段改后段”的方法，也就是說要將建設(shè)項目按建設(shè)情況，合理劃分幾個時段，定期跟蹤審計，形成階段性的審計報告，并向建設(shè)單位通報情況，提出改進的建議，要求有關(guān)被審計單位在后期工程建設(shè)中加以糾正。

　　二、要處理好參加與參與的關(guān)系。審計部門對建設(shè)項目實施跟蹤審計，一般情況下，建設(shè)單位往往會要求審計部門參加工程建設(shè)的重要事項和重要會議。對此，審計人員應(yīng)當積極參加，其目的就是更好地了解工程情況，為審計工作提供詳實的一手資料，以提高審計時效。但參加并不等于參與，大家知道，審計行為是一個組織行為，審計的決定和意見是以審計機關(guān)的名義出現(xiàn)，任何審計人員不能代表審計發(fā)表建議和意見，因此對于工程管理的具體事項，審計人員只是“傍觀”和“知情”，不應(yīng)作為決策者列入，不應(yīng)發(fā)表與審計無關(guān)的意見，不應(yīng)對某項決策簽字劃押、舉手表決。否則就擺錯了審計位置，背離了審計監(jiān)督的根本。

　　三、要處理好審計與中介的關(guān)系。在建設(shè)項目跟蹤審計中，往往要聘請社會中介組織的專業(yè)人員參加。在處理審計機關(guān)和社會中介組織的關(guān)系上，應(yīng)當注意：一是社會中介組織受聘于審計機關(guān)，代表著審計機關(guān)實施專業(yè)審計監(jiān)督，并由審計機關(guān)承擔最終的行政執(zhí)法責任，應(yīng)當服從和服務(wù)于審計機關(guān)的監(jiān)督和管理；二是社會中介組織可按審計工作的要求可對建設(shè)項目的預(yù)算和決算進行審計，但決不能參與工程預(yù)算的制定和工程決算的編制；三是中介組織的審計結(jié)果向?qū)徲嫏C關(guān)報告，替審計機關(guān)負責，并納入審計機關(guān)的審計報告和決定；四是審計機關(guān)聘請社會中介組織，按“誰委托誰付費”的原則，社會中介組織的服務(wù)費應(yīng)當由審計機關(guān)支付。

　　四、要處理好建設(shè)與施工的關(guān)系。建設(shè)項目跟蹤審計的對象是建設(shè)管理單位，同時也可以對施工等單位進行審計調(diào)查，對于這兩種不同范圍的審計應(yīng)當有一個明晰的劃分。一是要嚴格審計程序。建設(shè)單位與施工單位不是所屬關(guān)系，在法律上是平等的合作關(guān)系，對不同的法人主體，無論是審計或者是審計調(diào)查，都必須履行完整的審計手續(xù)，不能用一個審計通知替代所有的審計對象；二是審計調(diào)查應(yīng)著手于施工等單位，著力于建設(shè)單位，應(yīng)圍繞建設(shè)單位的管理來開展。通過審計調(diào)查發(fā)現(xiàn)問題，佐證管理單位不規(guī)范的管理行為和違紀違規(guī)問題。三是在對建設(shè)單位違紀違規(guī)問題處理時，有時會涉及到施工等單位的經(jīng)濟利益，如工程決算的審計，這就需要在審計中征求施工等單位的意見，有效地保障第三者的合法權(quán)益。