應(yīng)用控制和具體的應(yīng)用系統(tǒng)有關(guān)，是為確保數(shù)據(jù)處理完整、正確而實(shí)施的控制。

　　數(shù)據(jù)采集控制

　　電子商務(wù)環(huán)境下的會(huì)計(jì)數(shù)據(jù)采集分為兩種類型：手工采集和自動(dòng)采集。

　　手工采集方式下的控制：第一，原始單據(jù)審核控制。原始單據(jù)的審核實(shí)際上是對(duì)數(shù)據(jù)合法性的認(rèn)定，財(cái)務(wù)人員應(yīng)根據(jù)審核無(wú)誤的單證輸入有關(guān)業(yè)務(wù)數(shù)據(jù)，既不能重復(fù)，也不能遺漏，更不能擅自修改。確保輸入系統(tǒng)的數(shù)據(jù)均被批準(zhǔn)是輸入控制的首要任務(wù)。第二，輸入正確性控制。數(shù)據(jù)輸入到計(jì)算機(jī)中后，在送入計(jì)算機(jī)處理之前要對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行人工目測(cè)核對(duì)，看輸入的數(shù)據(jù)和原始單據(jù)有什么差異；然后，利用嵌入到計(jì)算機(jī)中校驗(yàn)程序進(jìn)行檢驗(yàn)。第三，數(shù)據(jù)輸入完整性控制。在數(shù)據(jù)輸入時(shí)，對(duì)一批處理的業(yè)務(wù)單證，以某種特征為基礎(chǔ)（如憑證張數(shù)、金額）計(jì)算總數(shù)，輸入該批業(yè)務(wù)之后，由計(jì)算機(jī)程序自動(dòng)計(jì)算該批總數(shù)，二者予以核對(duì)，判斷該批業(yè)務(wù)是否全部輸入到計(jì)算機(jī)。第四，錯(cuò)誤糾正控制。對(duì)于輸入到系統(tǒng)中的錯(cuò)誤數(shù)據(jù)應(yīng)提供改正和重新輸入的機(jī)會(huì)，并且對(duì)改錯(cuò)與重新輸入也要實(shí)施控制，要保留修改痕跡。

　　自動(dòng)采集方式下的控制：第一，網(wǎng)上公證控制：利用網(wǎng)絡(luò)的實(shí)時(shí)傳遞功能實(shí)現(xiàn)原始交易憑證的三方監(jiān)控。比如，每一家企業(yè)都在互聯(lián)網(wǎng)認(rèn)證機(jī)構(gòu)申請(qǐng)數(shù)字簽名和私有密鑰，當(dāng)交易發(fā)生時(shí)，交易雙方將單據(jù)或有關(guān)證明均傳到認(rèn)證機(jī)構(gòu)，由認(rèn)證機(jī)構(gòu)核對(duì)確認(rèn)，進(jìn)行數(shù)字簽名并予以加密，然后將已加密憑證和未加密憑證同時(shí)轉(zhuǎn)發(fā)給雙方，這樣就完成了一筆交易雙方認(rèn)可并經(jīng)互聯(lián)網(wǎng)認(rèn)證機(jī)構(gòu)公證的交易。在這種交易中，交易一方因無(wú)法獲得另一方的數(shù)字簽名和私有密鑰，很難偽造或篡改交易憑證。主管人員或?qū)徲?jì)人員一旦對(duì)某筆業(yè)務(wù)產(chǎn)生懷疑，只需將加密憑證提交客戶和認(rèn)證機(jī)構(gòu)解密，將其結(jié)果與未加密的憑證對(duì)照，問(wèn)題便迎刃而解。第二，電子單據(jù)審查控制：對(duì)于取得的電子單據(jù)要進(jìn)行審查，審查電子單據(jù)的簽名、電子單據(jù)的合法與正確性等，以便為進(jìn)一步的處理打下基礎(chǔ)。

　　數(shù)據(jù)處理控制

　　處理控制是通過(guò)預(yù)先編好的計(jì)算機(jī)程序?qū)崿F(xiàn)的。常用的控制措施有：

　　處理權(quán)限控制。應(yīng)用程序中應(yīng)設(shè)計(jì)處理權(quán)限授權(quán)功能，只有經(jīng)過(guò)授權(quán)批準(zhǔn)的人員才能執(zhí)行處理操作。

　　參照檢測(cè)控制。利用某些數(shù)據(jù)處理結(jié)果應(yīng)當(dāng)與另一組數(shù)據(jù)處理結(jié)果相等，或具有其他對(duì)應(yīng)關(guān)系而對(duì)數(shù)據(jù)處理的正確性實(shí)施控制。

　　合理性檢驗(yàn)控制。由計(jì)算機(jī)程序?yàn)閿?shù)據(jù)處理結(jié)果確定一個(gè)合理的范圍，如果數(shù)據(jù)處理結(jié)果溢出范圍，則系統(tǒng)應(yīng)自動(dòng)報(bào)警，通知有關(guān)人員，以便查明原因。

　　業(yè)務(wù)時(shí)序控制。在應(yīng)用系統(tǒng)處理業(yè)務(wù)的過(guò)程中，許多處理都是有順序關(guān)系的，違反順序的處理應(yīng)該通過(guò)預(yù)先設(shè)置的檢查發(fā)現(xiàn)。

　　審計(jì)跟蹤控制。在數(shù)據(jù)處理過(guò)程中，應(yīng)當(dāng)產(chǎn)生必要的審計(jì)跟蹤，以便對(duì)各項(xiàng)交易進(jìn)行追蹤審查。對(duì)于系統(tǒng)成功處理的交易應(yīng)記錄在交易日志中，交給適當(dāng)?shù)挠脩艉藢?duì)與系統(tǒng)的輸入是否一致；未能成功處理的交易應(yīng)記錄在錯(cuò)誤文件中，交給適當(dāng)?shù)挠脩艏m正錯(cuò)誤并重新提交。

　　備份及恢復(fù)控制。在會(huì)計(jì)信息系統(tǒng)運(yùn)行過(guò)程中，偶爾也會(huì)出現(xiàn)因意外情況而中斷處理的情況，如果此時(shí)正在對(duì)文件進(jìn)行更新處理，數(shù)據(jù)的完整性將會(huì)受到破壞。因此，應(yīng)當(dāng)做一些必要的備份，一旦處理過(guò)程發(fā)生意外中斷，可恢復(fù)到處理前的狀態(tài)，并再次進(jìn)行處理，從而保證數(shù)據(jù)處理的正確性。

　　數(shù)據(jù)輸出控制

　　輸出控制主要是保證輸出信息的正確性，并且要保證輸出信息只能提供給經(jīng)過(guò)授權(quán)的使用者。輸出控制主要包括：

　　輸出數(shù)據(jù)的正確性控制。在IT環(huán)境下，特別是在集成環(huán)境中，數(shù)據(jù)的輸出有財(cái)務(wù)軟件的保證，一般不會(huì)出現(xiàn)錯(cuò)誤。但以防萬(wàn)一還是應(yīng)該采取多種手段進(jìn)行控制，如：合計(jì)數(shù)控制、抽樣統(tǒng)計(jì)控制、數(shù)據(jù)稽核控制等。

　　輸出權(quán)限控制。信息系統(tǒng)的輸出方式有屏幕顯示、打印輸出和電子版本輸出（磁盤輸出）。對(duì)于這三種方式都要設(shè)立相應(yīng)的權(quán)限控制，可以與軟件集成，只有特定的、經(jīng)過(guò)授權(quán)的用戶才可以執(zhí)行輸出操作，而且不同權(quán)限的人應(yīng)該只能輸出相應(yīng)權(quán)限的內(nèi)容。

　　輸出資料分發(fā)控制。資料輸出后，可能要分給需要會(huì)計(jì)資料的人，資料只能分發(fā)給有權(quán)接受資料的人，此時(shí)，可以采用組織控制的方法和利用登記制度加強(qiáng)控制。