國家稅務總局《關于建筑企業(yè)所得稅征管有關問題的通知》（國稅函[2010]39號）中規(guī)定，對跨地區(qū)（指跨省、自治區(qū)、直轄市和計劃單列市）經營建筑企業(yè)所得稅征收管理問題進行了明確：

　　1、實行總、分機構體制的跨地區(qū)經營建筑企業(yè)應嚴格執(zhí)行國稅發(fā)[2008]28號文件規(guī)定，按照“統(tǒng)一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫”的辦法計算繳納企業(yè)所得稅。

　　2、建筑企業(yè)跨地區(qū)設立的不符合二級分支機構條件的項目經理部（包括與項目經理部性質相同的工程指揮部、合同段等），應匯總到總機構或二級分支機構統(tǒng)一計算，按照國稅發(fā)[2008]28號文件規(guī)定的辦法計算繳納企業(yè)所得稅。

　　3、各地稅務機關自行制定的與國稅函[2010]39號相抵觸的征管文件，一律停止執(zhí)行并予以糾正；對按照規(guī)定不應就地預繳而征收了企業(yè)所得稅的，要及時將稅款返還給企業(yè)。未按國稅函[2010]39號要求進行糾正的，稅務總局將按照執(zhí)法責任制的有關規(guī)定嚴肅處理。