不同稅率的總分機構如何計算應納稅額？

　　問：我公司是一家注冊于無錫市錫山區(qū)的合資企業(yè)，在中國其他地區(qū)還設有四家分支機構（分別設于上海/北京/廣州/深圳），其中深圳分公司享有18%的特區(qū)優(yōu)惠稅率，即四家公司實行25%的稅率，一家公司實行18%的稅率。根據(jù)國稅發(fā)[2008]28號關于印發(fā)《跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法》的通知第十六條，關于總分機構處于不同稅率地區(qū)，應先由總機構統(tǒng)一計算全部應納稅所得稅額，然后依照本辦法的規(guī)定及相應權重比率計算劃分不同稅率機構的應稅所得額，再分別按總分機構適用稅率計算應納所得稅額。

　　由于年終匯算清繳時，僅由總機構進行匯總納稅企業(yè)的年度匯繳。因此請問，上述第十六條辦法所規(guī)定的不同稅率總分機構分別計算應稅所得額及應稅額是僅指季度預繳？還是說年終匯算清繳也一并適用？如此條辦法不適用于年終匯算清繳，那請問像我深圳分公司是否在年終應稅所得額進行納稅調整后就無法繼續(xù)享受國家過渡期優(yōu)惠稅率的政策？

　　答：《國家稅務總局關于跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理若干問題的通知》（國稅函[2009]221號）關于總分支機構適用不同稅率時企業(yè)所得稅款計算和繳納問題規(guī)定，預繳時，總機構和分支機構處于不同稅率地區(qū)的，先由總機構統(tǒng)一計算全部應納稅所得額，然后按照國稅發(fā)[2008]28號文件第十九條規(guī)定的比例和第二十三條規(guī)定的三因素及其權重，計算劃分不同稅率地區(qū)機構的應納稅所得額，再分別按各自的適用稅率計算應納稅額后加總計算出企業(yè)的應納所得稅總額。再按照國稅發(fā)[2008]28號文件第十九條規(guī)定的比例和第二十三條規(guī)定的三因素及其權重，向總機構和分支機構分攤就地預繳的企業(yè)所得稅款。匯繳時，企業(yè)年度應納所得稅額應按上述方法并采用各分支機構匯算清繳所屬年度的三因素計算確定。

　　除《國務院關于實施企業(yè)所得稅過渡優(yōu)惠政策的通知》（國發(fā)[2007]39號）、《財政部、國家稅務總局關于企業(yè)所得稅若干優(yōu)惠政策的通知》（財稅[2008]1號）和《財政部、國家稅務總局關于貫徹落實國務院關于實施企業(yè)所得稅過渡優(yōu)惠政策有關問題的通知》（財稅[2008]21號）有關規(guī)定外，跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)不得按照上述總分支機構處于不同稅率地區(qū)的計算方法計算并繳納企業(yè)所得稅，應按照企業(yè)適用統(tǒng)一的稅率計算并繳納企業(yè)所得稅。

　　《國家稅務總局關于印發(fā)〈跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》第三條規(guī)定，企業(yè)實行“統(tǒng)一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫”的企業(yè)所得稅征收管理辦法。

　　第六條規(guī)定，就地預繳，是指總機構、分支機構應按本辦法的規(guī)定，分月或分季分別向所在地主管稅務機關申報預繳企業(yè)所得稅。

　　第七條規(guī)定，匯總清算，是指在年度終了后，總機構負責進行企業(yè)所得稅的年度匯算清繳，統(tǒng)一計算企業(yè)的年度應納所得稅額，抵減總機構、分支機構當年已就地分期預繳的企業(yè)所得稅款后，多退少補稅款。

　　第十六條規(guī)定，總機構和分支機構處于不同稅率地區(qū)的，先由總機構統(tǒng)一計算全部應納稅所得額，然后依照本辦法第十九條規(guī)定的比例和第二十三條規(guī)定的三因素及其權重，計算劃分不同稅率地區(qū)機構的應納稅所得額后，再分別按總機構和分支機構所在地的適用稅率計算應納稅額。

　　根據(jù)上述規(guī)定，國稅發(fā)[2008]28號文第十六條的規(guī)定適用于季度預繳及年終匯算清繳。但只有國發(fā)[2007]39號、財稅[2008]1號和財稅[2008]21號文中有關規(guī)定存在跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)總分支機構適用不同稅率的情況，并按上述總分支機構處于不同稅率地區(qū)的計算方法計算并繳納企業(yè)所得稅，其他均應按照企業(yè)法人適用統(tǒng)一稅率計算并繳納企業(yè)所得稅。