按照“高效便捷、區(qū)內(nèi)自由、卡口管理”的設計理念，天津海關制定了東疆保稅港區(qū)海關監(jiān)管模式創(chuàng)新方案。即通關集約化——對保稅港區(qū)進出貨物實施各項便捷通關措施；管理信息化——依托電子信息平臺，實現(xiàn)海關與企業(yè)及相關管理部門信息共享，實現(xiàn)聯(lián)網(wǎng)管理；區(qū)內(nèi)便利化——區(qū)內(nèi)貨物可以自由流轉，免予繳納關稅及其他稅費；作業(yè)無紙化——海關對保稅港區(qū)與境外之間進出的貨物監(jiān)管最大限度取消紙質單據(jù)，實現(xiàn)電子管理；卡口智能化——通過集裝箱箱號自動識別系統(tǒng)、車輛自動識別系統(tǒng)等實現(xiàn)對進出卡口貨物的自動驗放。單票貨物通過卡口的時間最快可在十幾秒鐘內(nèi)完成。
天津東疆保稅港區(qū)是集港口、保稅區(qū)、出口加工區(qū)、保稅物流園區(qū)等優(yōu)勢于一體，享受國家經(jīng)濟貿(mào)易優(yōu)惠政策的海關特殊監(jiān)管區(qū)域。保稅港區(qū)與傳統(tǒng)海關特殊監(jiān)管區(qū)域相比，增加了港口作業(yè)功能，實現(xiàn)了真正意義上的區(qū)港聯(lián)動，保稅港區(qū)還整合了保稅區(qū)、保稅物流園區(qū)、出口加工區(qū)等海關特殊監(jiān)管區(qū)域的各種功能和享受稅收、監(jiān)管、外匯等各項優(yōu)惠政策。包括國外貨物入港區(qū)保稅；國內(nèi)貨物入港區(qū)視同出口，實行退稅；港區(qū)內(nèi)企業(yè)之間的貨物交易不征增值稅和消費稅等等，是目前我國內(nèi)地對外開放層次最高、政策最優(yōu)惠、功能最齊全、區(qū)位優(yōu)勢最明顯的特殊功能區(qū)。
國務院批復明確指出，東疆保稅港區(qū)在享受和上海洋山保稅港區(qū)同樣的優(yōu)惠政策基礎之上，可根據(jù)全國綜合配套改革試驗區(qū)建設的相關要求在機制、體制創(chuàng)新等方面先行試驗一些重大的改革開放措施。天津海關將按照國務院批復要求，積極探索特殊監(jiān)管區(qū)域管理制度創(chuàng)新，以點帶面，推進海關特殊監(jiān)管區(qū)域整合和政策疊加工作。根據(jù)東疆港區(qū)的功能定位，針對不同區(qū)域的貨物采取卡口分道、貨物分流、區(qū)域分設、程序分列的“四分”管理方法，實行“一線放開、二線管住、區(qū)內(nèi)自由、入?yún)^(qū)退稅”的封閉化、信息化、集約化的監(jiān)管模式，即采取全域封閉化管理，由海關依法對進出保稅港區(qū)的貨物、物品、運輸工具和保稅港區(qū)內(nèi)的相關場所實行全面監(jiān)管。
