2003年2月27日，財政部、國家稅務總局發(fā)出了《關于連鎖經營企業(yè)有關稅收問題的通知》（財稅［2003］1號），通知規(guī)定：
一、在省、自治區(qū)、直轄市、計劃單列市內跨區(qū)域經營的統一核算的連鎖企業(yè)，需要實行由總機構向其所在地主管稅務機關統一申報繳納增值稅的，按照財政部、國家稅務總局《關于連鎖經營企業(yè)增值稅納稅地點問題的通知》（財稅字［1997］97號）的有關規(guī)定辦理。
二、根據《企業(yè)所得稅暫行條例》和《企業(yè)所得稅暫行條例實施細則》的有關規(guī)定，對內資連鎖企業(yè)省內跨區(qū)域設立的直營門店，凡在總部領導下統一經營、與總部微機聯網、并由總部實行統一采購配送、統一核算、統一規(guī)范化管理，并且不設銀行結算賬戶、不編制財務報表和賬簿的，由總部向其所在地主管稅務機關統一繳納企業(yè)所得稅。依照《外商投資和外國企業(yè)所得稅法》和《外商投資和外國企業(yè)所得稅法實施細則》的有關規(guī)定，對從事跨區(qū)域連鎖經營的外商投資企業(yè)，由總機構向其所在地主管稅務機關統一繳納企業(yè)所得稅。
三、上述跨區(qū)域經營的連鎖企業(yè)實行統一繳納增值稅、所得稅后，各級財政部門要認真貫徹執(zhí)行國辦發(fā)［2002］49號文件的精神，及時制定統一納稅后所屬地區(qū)間財政利益調整辦法，妥善處理好各級財政利益的分配關系，以確保連鎖企業(yè)門店所在地的財政利益在納稅地點變化后不受影響，以利于連鎖經營的發(fā)展。
［政策提示］此通知是為貫徹落實《國務院辦公廳轉發(fā)國務院體改辦、國家經貿委關于促進連鎖經營發(fā)展若干意見的通知》（國辦發(fā)［2002］49號）的精神，支持連鎖經營的發(fā)展而發(fā)出的。
據有關專家介紹，連鎖經營和超級市場，被稱為是“現代流通革命”的兩大標志。20世紀中期以后，現代連鎖經營在發(fā)達國家取得普遍成功。連鎖企業(yè)作為一種從西方經濟發(fā)達國家傳入我國的經營方式，有其一定的特殊性，存在由總部統一納稅還是由分支機構分別納稅的問題。在我國目前的財政體制下，地方政府部門感到外地連鎖企業(yè)占了本地市場卻在外地納稅，大多采取程度不同的抵制或不支持態(tài)度，結果絕大多數連鎖企業(yè)只能把理應統一管理、統一核算的店鋪，在各地注冊成一個個獨立的企業(yè)法人。這種做法不僅使連鎖企業(yè)不能在眾多的新老店鋪、經營效益好與差的店鋪之間統算盈虧，實際上增加了企業(yè)的稅負，而且每個店鋪都是納稅單位，要增設財務人員，進行年檢等例行檢查，又增加了管理環(huán)節(jié)和費用。對擁有成百上千個店鋪的大型連鎖企業(yè)來說，這種負擔尤為沉重。納稅地點問題，已經成為當前連鎖企業(yè)發(fā)展的重要障礙。
《增值稅暫行條例》第二十二條對增值稅納稅地點作出了規(guī)定，但對連鎖企業(yè)的納稅地點規(guī)定并不明確。財政部、國家稅務總局1997年發(fā)出了《關于連鎖經營企業(yè)增值稅納稅地點問題的通知》（財稅字［1997］97號）。該通知規(guī)定跨地區(qū)經營的直營連鎖企業(yè)，即連鎖店的門店均由總部全資或控股開設，在總部領導下統一經營的連鎖企業(yè)，凡采取微機聯網，實行統一采購配送商品，統一核算、統一規(guī)范化管理和經營，并經有關部門批準，可由總店向其所在地主管稅務機關統一申報繳納增值稅。但對自愿連鎖企業(yè)，即連鎖店的門店均為獨立法人，各自的資產所有權不變的連鎖企業(yè)和特許連鎖企業(yè)，即連鎖店的門店同總部簽訂合同，取得使用總部商標、商號、經營技術及銷售總部開發(fā)商品的特許權的連鎖企業(yè)，其納稅地點不變，仍由各獨立核算門店分別向所在地主管稅務機關申報繳納增值稅。而（財稅［2003］1號）文件又明確了符合一定條件的連鎖經營企業(yè)所得稅，可由總機構向其所在地主管稅務機關統一繳納，連鎖企業(yè)的納稅地點問題得到了解決。
根據有關部門的調查，目前國內經營業(yè)績較好的連鎖企業(yè)，其繳納所得稅和增值稅的比例約為1∶5～1∶6，由于增值稅是共享稅，地方政府普遍更為關注所得稅的繳納地點。在連鎖企業(yè)實行由總部統一納稅后，國家有關部門也會通過適當的方式，保證連鎖企業(yè)門店當地的財政利益。
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