新的《稅務登記管理辦法》主要增加了七項內(nèi)容：
采取“分散受理、集中處理”的辦理方式。針對城市中容易發(fā)生的爭搶稅源情況，對城市的稅務登記辦理方式進行了原則規(guī)定，提出有條件的城市，稅務登記可以按“各區(qū)分散受理、全市集中處理”的原則辦理。該項規(guī)定不僅有助于消除城市各區(qū)間的稅收競爭，還將方便納稅人就近申報登記。
納稅人登記代碼只有一個。新辦法第一次以規(guī)章的形式確立了稅務登記的編碼原則，要求國、地稅執(zhí)行統(tǒng)一稅務登記代碼，并分別就已領(lǐng)取組織機構(gòu)代碼的納稅人、個體工商戶和從事生產(chǎn)、經(jīng)營的外籍和港澳臺人員確立了具體的編碼方案。
增加了臨時稅務登記。新辦法取消了注冊稅務登記，將稅務登記的種類統(tǒng)一為稅務登記和臨時稅務登記。后者主要適用于一些具有臨時性、流動性特點的納稅人，如：領(lǐng)取臨時工商營業(yè)執(zhí)照的納稅人，外出經(jīng)營超過180天的納稅人，有獨立的生產(chǎn)經(jīng)營權(quán)、在財務上獨立核算并定期向發(fā)包人或者出租人上交承包費或租金的承包承租人等。
縮減了要求納稅人提供稅務登記證件的稅務事項。新辦法規(guī)定，納稅人只有在開立銀行賬戶和領(lǐng)購發(fā)票時才必須提供稅務登記證件，而在辦理其他稅務事項時只需出示稅務登記證件即可。
提供了解決稅務機關(guān)之間對納稅人稅務登記的主管稅務機關(guān)、登記地點發(fā)生爭議的途徑。新辦法在規(guī)定國、地稅原則上分別登記、屬地管理的基礎(chǔ)上，明確國、地稅之間對納稅人稅務登記的主管稅務機關(guān)發(fā)生的爭議，由其上一級機關(guān)共同協(xié)商解決。而國家稅務機關(guān)內(nèi)部或地方稅務機關(guān)內(nèi)部對納稅人登記地點發(fā)生爭議的，由其上級機關(guān)指定管轄。
增加了對稅務人員濫用職權(quán)或行政不作為行為的處罰。
增加了對納稅人騙取稅務登記證行為的處罰。
與舊辦法相比，新的《稅務登記管理辦法》在稅務登記的對象、地點、程序、證件的管理方面作了較大修改。
稅務登記對象排除了國家機關(guān)、個人和無固定生產(chǎn)、經(jīng)營場所的流動性農(nóng)村小商販，除此以外，稅務登記對象有兩類：一是從事生產(chǎn)經(jīng)營的納稅人，包括：企業(yè)，企業(yè)在外地設立的分支機構(gòu)和從事生產(chǎn)、經(jīng)營的場所，個體工商戶以及從事生產(chǎn)經(jīng)營的事業(yè)單位；二是其他發(fā)生納稅義務的各類組織和單位。
關(guān)于納稅人的稅務登記地點，舊辦法規(guī)定是納稅人所在地，新《稅務登記管理辦法》進一步重申明確為：生產(chǎn)、經(jīng)營地或納稅義務發(fā)生地，將“注冊地”排除在外。過去，納稅人往往選擇非實際生產(chǎn)、經(jīng)營地但有區(qū)域性稅收優(yōu)惠的地區(qū)申請注冊，騙取稅收優(yōu)惠。新辦法的實施，將有效地杜絕此類問題的產(chǎn)生。
新《稅務登記管理辦法》將登記程序由原來的“先檢查后登記”改為“先登記后檢查”，只要納稅人在規(guī)定的時間內(nèi)提交的證件和資料齊全、且稅務登記表的填寫內(nèi)容符合規(guī)定，稅務機關(guān)都應及時發(fā)放稅務登記證件，然后再調(diào)查核實納稅人的稅務登記內(nèi)容。
國、地稅兩家對同一納稅人辦理同一份稅務登記，是納稅人的現(xiàn)實期望。新辦法對聯(lián)合辦證作出規(guī)定，明確規(guī)定在有條件的省、市，國、地稅可以聯(lián)合登記，對同一納稅人核發(fā)同一份加蓋國、地稅雙方印章的稅務登記證。
新《稅務登記管理辦法》修改了舊辦法中關(guān)于非正常戶的認定內(nèi)容。一是明確了認定非正常戶的條件：未按期申報；稅務機關(guān)責令其限期改正后，逾期不改；稅務機關(guān)派員實地檢查，查無下落并且無法強制其履行納稅義務。二是取消了舊辦法關(guān)于“無正當理由連續(xù)3個月未向稅務機關(guān)進行納稅申報”的時限要求，事實上是將納稅人未按期申報的次數(shù)由連續(xù)三次改為一次。三是進一步明確了稅務人員在非正常戶認定中的責任，規(guī)定檢查人員必須制作非正常戶認定書。另外，新的《稅務登記管理辦法》規(guī)定，非正常戶登記證件失效的時限由納稅人被列為非正常戶超過1年改為3個月。
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