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在涉及員工與總公司簽訂合同但在分公司工作的情況時(shí)，員工的在職職工人數(shù)歸屬通常取決于具體的合同條款和公司內(nèi)部的管理規(guī)定。一般情況下，如果員工與總公司簽訂合同，那么該員工應(yīng)被視為總公司的職工，無(wú)論其在哪個(gè)分公司工作。因此，在統(tǒng)計(jì)總公司的在職職工人數(shù)時(shí)，應(yīng)包括這些員工。 至于分公司在申報(bào)殘疾人保證金時(shí)是否包括總公司派遣的員工人數(shù)，這取決于具體的法規(guī)和政策。在中國(guó)，殘疾人保證金的計(jì)算和繳納通常遵循《中華人民共和國(guó)殘疾人就業(yè)保障金管理暫行規(guī)定》等相關(guān)法規(guī)。根據(jù)這些規(guī)定，用人單位（包括總公司和分公司）需要按照其在職職工人數(shù)的一定比例繳納殘疾人就業(yè)保障金。因此，如果總公司派遣的員工在分公司工作，并且被納入分公司的在職職工人數(shù)統(tǒng)計(jì)中，那么這些員工也應(yīng)包括在分公司申報(bào)殘疾人保證金的在職職工人數(shù)中。