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總局公告2017年40號，（二）企業(yè)取得研發(fā)過程中形成的下腳料、殘次品、中間試制品等特殊收入，在計算確認收入當年的加計扣除研發(fā)費用時，應從已歸集研發(fā)費用中扣減該特殊收入，不足扣減的，加計扣除研發(fā)費用按零計算。 問題：1，“從已歸集研發(fā)費用中扣減該特殊收入”，這里的被減數“已歸集研發(fā)費用”，是指計算加計扣除費用的“基數”，還是指“計算確認后”的加計扣除費用？ 2.這里的意思只是說，如果有下腳料等特殊收入，計算加計扣除的基數要扣減，實質上就是不讓產生特殊收入對應的材料“加計扣除”，但是“據實扣除”還是可以的，是嗎？ 3.請舉例子說明這個規(guī)定。