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企業(yè)所得稅年度匯算清繳時發(fā)現(xiàn)員工薪酬和申報個稅的員工薪酬不一致，要根據(jù)稅務(wù)局發(fā)出的風(fēng)險識別報告，采取相應(yīng)的措施進行處理。 首先，根據(jù)發(fā)現(xiàn)的薪酬不一致情況，企業(yè)可以對上繳稅款進行核定，增補差異稅款，完成應(yīng)繳納稅款；其次，應(yīng)當(dāng)對進行相關(guān)記錄，落實責(zé)任制，使企業(yè)有嚴(yán)格的申報審核制度，確保所得稅正確繳納；最后，企業(yè)可以采取報表折扣、稅務(wù)減免等措施，減輕納稅負擔(dān)。 拓展知識：企業(yè)所得稅匯算清繳是指企業(yè)在每年末根據(jù)實際繳納稅款的情況，經(jīng)過稅務(wù)機關(guān)審核和復(fù)核，把實際應(yīng)繳的稅款與上一年預(yù)繳稅款匯總比對，最終確定實際應(yīng)繳款項目及金額，再行交納的過程。