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土地增值稅清算中的開發(fā)間接費用包括土地開發(fā)過程中的各種間接費用，如設計費、勘察費、監(jiān)理費、環(huán)評費、審圖費、規(guī)劃費、招標代理費、保險費、工程管理費、水電氣費等。

計算開發(fā)間接費用的方法如下：
1. 首先，需要將土地開發(fā)過程中發(fā)生的所有間接費用進行分類和匯總。
2. 接著，需要按照土地開發(fā)項目的實際情況，將這些間接費用分攤到不同的工程項目中。
3. 然后，需要按照不同的工程項目，將分攤到該工程項目的間接費用進行計算，并將其加入到該工程項目的總成本中。
4. 最后，需要將所有工程項目的總成本加總，得出土地增值稅清算中的開發(fā)間接費用總額。

需要注意的是，計算開發(fā)間接費用時，需要考慮到土地開發(fā)項目的實際情況，盡可能準確地進行分攤和計算，以確保土地增值稅清算的準確性和合法性。