問：個人在進行年所得12萬元以上自行申報時，應如何計算工資薪金所得的年所得，是否可以扣除每月3500元的費用？

答：根據(jù)《國家稅務總局關于印發(fā)〈個人所得稅自行納稅申報辦法（試行）〉的通知》（國稅發(fā)〔2006〕162號）第八條第一款規(guī)定，工資、薪金所得的年所得，按照未減除費用及附加減除費用的收入額計算。

因此，個人在進行年所得12萬元以上自行申報時，計算工資薪金所得的年所得按照未減除費用及附加減除費用的收入額計算，不得扣除每月3500元的費用。