為鼓勵(lì)企業(yè)開展研究開發(fā)活動(dòng)，新《企業(yè)所得稅法》文件明確作出規(guī)定：“企業(yè)開發(fā)新技術(shù)、新產(chǎn)品、新工藝發(fā)生的研究開發(fā)費(fèi)用計(jì)入當(dāng)期損益未形成無形資產(chǎn)的，允許再按其當(dāng)年研發(fā)費(fèi)用實(shí)際發(fā)生額的50%，直接抵扣當(dāng)年的應(yīng)納稅所得額；研發(fā)費(fèi)用形成無形資產(chǎn)的，按照該無形資產(chǎn)成本的150%在稅前攤銷”。但不是只要研發(fā)費(fèi)就可以稅前扣除，筆者總結(jié)了以下十種情況，不能享受稅收優(yōu)惠。
這十種情形分別是：
一、財(cái)務(wù)核算不健全且不能準(zhǔn)確歸集研發(fā)費(fèi)用的企業(yè)發(fā)生的研發(fā)費(fèi)不得加計(jì)扣除。
二、非創(chuàng)造性運(yùn)用科技新知識，或非實(shí)質(zhì)性改進(jìn)技術(shù)、工藝、產(chǎn)品（服務(wù)）發(fā)生的研發(fā)費(fèi)不得加計(jì)扣除。
對企業(yè)從事研究開發(fā)活動(dòng)而發(fā)生的研究開發(fā)費(fèi)用支出允許加計(jì)扣除。
三、不屬于稅法列舉的研發(fā)費(fèi)用支出不得加計(jì)扣除。
企業(yè)從事《國家重點(diǎn)支持的高新技術(shù)領(lǐng)域》和國家發(fā)展改革委員會等部門公布的《當(dāng)前優(yōu)先發(fā)展的高技術(shù)產(chǎn)業(yè)化重點(diǎn)領(lǐng)域指南（2007年度）》規(guī)定項(xiàng)目的研究開發(fā)活動(dòng)，其在一個(gè)納稅年度中實(shí)際發(fā)生的下列費(fèi)用支出，允許在計(jì)算應(yīng)納稅所得額時(shí)按照規(guī)定實(shí)行加計(jì)扣除：
1.新產(chǎn)品設(shè)計(jì)費(fèi)、新工藝規(guī)程制定費(fèi)以及與研發(fā)活動(dòng)直接相關(guān)的技術(shù)圖書資料費(fèi)、資料翻譯費(fèi)。
2.從事研發(fā)活動(dòng)直接消耗的材料、燃料和動(dòng)力費(fèi)。
3.在職直接從事研發(fā)活動(dòng)人員的工資、薪金、獎(jiǎng)金、津貼和補(bǔ)貼。
4.專門用于研發(fā)活動(dòng)的儀器、設(shè)備的折舊費(fèi)和租賃費(fèi)。
5.專門用于研發(fā)活動(dòng)的軟件、專利權(quán)、非專利技術(shù)等無形資產(chǎn)的攤銷費(fèi)用。
6.專門用于中間試驗(yàn)和產(chǎn)品試制的模具、工藝裝備開發(fā)及制造費(fèi)。
7.勘探開發(fā)技術(shù)的現(xiàn)場試驗(yàn)費(fèi)。
8.研發(fā)成果的論證、評審和驗(yàn)收費(fèi)用。
四、委托外單位進(jìn)行開發(fā)的研發(fā)費(fèi)用，由委托方按照規(guī)定計(jì)算加計(jì)扣除，受托方不再加計(jì)扣除。
《企業(yè)研究開發(fā)費(fèi)用稅前扣除管理辦法（試行）》第6條規(guī)定：“對企業(yè)委托給外單位進(jìn)行開發(fā)的研發(fā)費(fèi)用，凡符合條件，由委托方按照規(guī)定計(jì)算加計(jì)扣除，受托方不得再進(jìn)行加計(jì)扣除。”
五、委托外單位進(jìn)行開發(fā)的研發(fā)費(fèi)用，對委托開發(fā)的項(xiàng)目，受托方應(yīng)向委托方提供該研發(fā)項(xiàng)目的費(fèi)用支出明細(xì)情況，否則，該委托開發(fā)項(xiàng)目的費(fèi)用支出不得實(shí)行加計(jì)扣除。
六、納稅人未按規(guī)定報(bào)備的開發(fā)項(xiàng)目研發(fā)費(fèi)用不得享受加計(jì)扣除的優(yōu)惠政策。
企業(yè)必須對研究開發(fā)費(fèi)用實(shí)行專賬管理，同時(shí)必須按照《企業(yè)研究開發(fā)費(fèi)用稅前扣除管理辦法（試行）》附表的規(guī)定項(xiàng)目，準(zhǔn)確歸集填寫年度可加計(jì)扣除的各項(xiàng)研究開發(fā)費(fèi)用實(shí)際發(fā)生金額。企業(yè)應(yīng)于年度匯算清繳所得稅申報(bào)時(shí)向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)報(bào)送本辦法規(guī)定的相應(yīng)資料。
企業(yè)在一個(gè)納稅年度內(nèi)進(jìn)行多個(gè)研究開發(fā)活動(dòng)，應(yīng)按照不同開發(fā)項(xiàng)目分別歸集可加計(jì)扣除的研究開發(fā)費(fèi)用金額。對納稅人申報(bào)的研究開發(fā)費(fèi)用不真實(shí)或者資料不齊全的，不得享受研究開發(fā)費(fèi)用加計(jì)扣除。也就是說，研究開發(fā)費(fèi)用的減免屬于備案式減免，納稅人未按規(guī)定報(bào)備不得享受加計(jì)扣除的優(yōu)惠政策。
七、企業(yè)集中研究開發(fā)的項(xiàng)目的研發(fā)費(fèi)應(yīng)在受益集團(tuán)成員公司間進(jìn)行合理分?jǐn)�，各公司申請加�?jì)扣除時(shí)，應(yīng)向稅務(wù)機(jī)關(guān)依法提供協(xié)議或合同，對不提供協(xié)議或合同的，研發(fā)費(fèi)不得加計(jì)扣除。
企業(yè)集團(tuán)根據(jù)生產(chǎn)經(jīng)營和科技開發(fā)的實(shí)際情況，對技術(shù)要求高、投資數(shù)額大，需要由集團(tuán)公司進(jìn)行集中開發(fā)的研究開發(fā)項(xiàng)目，其實(shí)際發(fā)生的研究開發(fā)費(fèi)，可以按照合理的分?jǐn)偡椒ㄔ谑芤婕瘓F(tuán)成員間進(jìn)行分?jǐn)�。企業(yè)集團(tuán)采取合理分?jǐn)傃芯块_發(fā)費(fèi)的，企業(yè)集團(tuán)應(yīng)提供集中研究開發(fā)項(xiàng)目的協(xié)議和合同，該協(xié)議或合同應(yīng)明確規(guī)定參與各方在該研究開發(fā)項(xiàng)目中的權(quán)利和義務(wù)、費(fèi)用分?jǐn)偡椒ǖ葍?nèi)容。
如不提供協(xié)議或合同，研究開發(fā)費(fèi)不得加計(jì)扣除。企業(yè)集團(tuán)采取合理分?jǐn)傃芯块_發(fā)費(fèi)，應(yīng)當(dāng)按照權(quán)利和義務(wù)、費(fèi)用支出和收益分享一致的原則，合理確定研究開發(fā)費(fèi)用分?jǐn)偡椒�。企業(yè)集團(tuán)采取合理分?jǐn)傃芯块_發(fā)費(fèi)用，企業(yè)集團(tuán)母公司負(fù)責(zé)編制集中研究開發(fā)項(xiàng)目的立項(xiàng)書、研究開發(fā)費(fèi)用預(yù)算表、決算表和決算分?jǐn)偙怼?/p>
八、研究開發(fā)費(fèi)用劃分不清的，不得享受加計(jì)扣除。
企業(yè)未設(shè)立專門的研發(fā)機(jī)構(gòu)或企業(yè)研發(fā)機(jī)構(gòu)同時(shí)承擔(dān)生產(chǎn)經(jīng)營任務(wù)的，應(yīng)對研發(fā)費(fèi)用和生產(chǎn)經(jīng)營費(fèi)用分開進(jìn)行核算，準(zhǔn)確、合理地計(jì)算各項(xiàng)研究開發(fā)費(fèi)用支出，對劃分不清的，不得實(shí)行加計(jì)扣除。
九、超過5年仍未加計(jì)扣除的研發(fā)費(fèi)用，不再繼續(xù)扣除。
根據(jù)《企業(yè)所得稅法》第18條規(guī)定：“企業(yè)納稅年度發(fā)生的虧損，準(zhǔn)予向以后年度結(jié)轉(zhuǎn)，用以后年度的所得彌補(bǔ)，但結(jié)轉(zhuǎn)年限最長不得超過5年。”《企業(yè)所得稅實(shí)施條例》第10條規(guī)定“《企業(yè)所得稅法》第5條所稱虧損，是指企業(yè)依照企業(yè)所得稅和本條例的規(guī)定將每一納稅年度的收入總額減除不征稅收入、免稅收入和各項(xiàng)扣除后小于零的數(shù)額。”由此可見，企業(yè)不論當(dāng)期是否虧損，都應(yīng)當(dāng)按實(shí)際發(fā)生的研究開發(fā)費(fèi)用依法加計(jì)扣除。研究開發(fā)費(fèi)用加計(jì)扣除后如果當(dāng)期的應(yīng)納稅所得額小于零，可以用以后年度實(shí)現(xiàn)的所得彌補(bǔ)，但結(jié)轉(zhuǎn)年限最長不得超過5年。但當(dāng)企業(yè)連續(xù)5年仍未彌補(bǔ)完的，不論未彌補(bǔ)完的是加計(jì)扣除還是非加計(jì)扣除所產(chǎn)生的虧損，均不允許繼續(xù)彌補(bǔ)。
十、法律、行政法規(guī)和國家稅務(wù)總局規(guī)定不允許在企業(yè)所得稅前扣除的費(fèi)用和支出項(xiàng)目，均不得計(jì)入研發(fā)費(fèi)用。
如《企業(yè)所得稅法實(shí)施條例》第28條規(guī)定："企業(yè)的不征稅收入用于支出所形成的費(fèi)用或者財(cái)產(chǎn)，不得扣除或者計(jì)算對應(yīng)的折舊、攤銷扣除。"如果企業(yè)用財(cái)政撥款（財(cái)政撥款屬于不征稅收入）用于研究開發(fā)費(fèi)用的支出，在企業(yè)所得稅上是不允許扣除的，相應(yīng)也不得享受加計(jì)扣除優(yōu)惠政策。