1998年3月，第九屆全國(guó)人民代表大會(huì)第一次會(huì)議在北京隆重召開(kāi)，會(huì)議決定對(duì)中華人民共和國(guó)審計(jì)署進(jìn)行充分、有效的改革，改革的主要內(nèi)容為職能調(diào)整。緊接著國(guó)務(wù)院也及時(shí)下達(dá)了有關(guān)政府機(jī)構(gòu)改革的規(guī)定，其中部分涉及到了審計(jì)署。有關(guān)專(zhuān)家人士分析指出，上述改革來(lái)得非常及時(shí)，將對(duì)我國(guó)的審計(jì)工作的監(jiān)督、指導(dǎo)產(chǎn)生巨大的促進(jìn)作用。
    
　　本次改革的主要內(nèi)容是對(duì)審計(jì)署的職能進(jìn)行調(diào)整，具體分三種，一為劃出，二為新增，三為轉(zhuǎn)變。劃出的職能有：將指導(dǎo)和管理社會(huì)審計(jì)的職能劃歸財(cái)政部；減少統(tǒng)一部署的審計(jì)項(xiàng)目，地方審計(jì)項(xiàng)目由地方審計(jì)機(jī)關(guān)根據(jù)省級(jí)人民政府的要求自行安排。新增的職能有：審計(jì)監(jiān)督中央預(yù)算執(zhí)行情況和其他財(cái)政收支：審計(jì)監(jiān)督中央銀行財(cái)務(wù)收支以及國(guó)有金融機(jī)構(gòu)的資產(chǎn)、負(fù)債和損益情況；組織對(duì)黨政領(lǐng)導(dǎo)干部的任期經(jīng)濟(jì)責(zé)任審計(jì)；審計(jì)監(jiān)督社會(huì)保障資金和環(huán)境保護(hù)資金。轉(zhuǎn)變的職能有：將審計(jì)派駐國(guó)務(wù)院行政部門(mén)及其直屬事業(yè)單位的審計(jì)機(jī)構(gòu)調(diào)整為派出機(jī)構(gòu)。
    
　　伴隨著職能的轉(zhuǎn)變，審計(jì)署的主要職責(zé)也有所轉(zhuǎn)變。轉(zhuǎn)變后的職責(zé)主要是：①擬定審計(jì)方針政策，參與制定審計(jì)、財(cái)經(jīng)方面的法律法規(guī)；制定審計(jì)規(guī)章制度，并監(jiān)督執(zhí)行情況，辦理地方性審計(jì)法規(guī)和規(guī)章的備案審查；組織領(lǐng)導(dǎo)、協(xié)調(diào)監(jiān)督各級(jí)審計(jì)機(jī)關(guān)的業(yè)務(wù)。②向國(guó)務(wù)院報(bào)告和向國(guó)務(wù)院有關(guān)部門(mén)通報(bào)審計(jì)情況，提出制定和完善有關(guān)政策法規(guī)、宏觀調(diào)整措施的建議。③直接進(jìn)行審計(jì)的主要事項(xiàng)：中央財(cái)政預(yù)算執(zhí)行情況和其他財(cái)政收支；中央各部門(mén)、事業(yè)單位及下屬單位的財(cái)務(wù)收支；省級(jí)人民政府預(yù)算的執(zhí)行情況和決算；中央銀行的財(cái)務(wù)收支和中央金融機(jī)構(gòu)的資產(chǎn)、負(fù)債和損益情況；國(guó)務(wù)院部門(mén)管理的和受?chē)?guó)務(wù)院委托由社會(huì)團(tuán)體管理的社會(huì)保障基金、環(huán)境保護(hù)資金、社會(huì)捐贈(zèng)資金及其他有關(guān)基金、資金的財(cái)務(wù)收支；國(guó)際組織和外國(guó)政府援助、貸款項(xiàng)目的財(cái)務(wù)收支。④向國(guó)務(wù)院總理提交中央預(yù)算執(zhí)行情況的審計(jì)結(jié)果報(bào)告；受?chē)?guó)務(wù)院委托向全國(guó)人大常委會(huì)提出中央預(yù)算執(zhí)行情況和其他財(cái)政收支審計(jì)工作報(bào)告。⑤組織實(shí)施行業(yè)審計(jì)、專(zhuān)項(xiàng)審計(jì)和審計(jì)調(diào)查；組織地方審計(jì)機(jī)關(guān)對(duì)黨政領(lǐng)導(dǎo)干部進(jìn)行任期經(jīng)濟(jì)責(zé)任審計(jì)；依法受理被審計(jì)單位對(duì)審計(jì)機(jī)關(guān)審計(jì)決定的復(fù)議申請(qǐng)。⑥與省級(jí)人民政府共同領(lǐng)導(dǎo)省級(jí)審計(jì)機(jī)關(guān)，協(xié)同辦理省級(jí)審計(jì)機(jī)關(guān)負(fù)責(zé)人的任免事項(xiàng)；管理派駐地方的審計(jì)特派員辦事處。⑦配合稽察特派員對(duì)國(guó)有重點(diǎn)大型企業(yè)和國(guó)家重點(diǎn)建設(shè)項(xiàng)目進(jìn)行審計(jì)監(jiān)督；組織對(duì)其他國(guó)有企業(yè)和國(guó)家建設(shè)項(xiàng)目的審計(jì)監(jiān)督。⑧組織實(shí)施對(duì)內(nèi)部審計(jì)的指導(dǎo)與監(jiān)督；監(jiān)督社會(huì)審計(jì)組織的審計(jì)業(yè)務(wù)質(zhì)量；組織對(duì)其他國(guó)有企業(yè)和國(guó)家建設(shè)項(xiàng)目的審計(jì)監(jiān)督。⑨組織實(shí)施對(duì)內(nèi)部審計(jì)的指導(dǎo)與監(jiān)督；監(jiān)督社會(huì)審計(jì)組織的審計(jì)業(yè)務(wù)質(zhì)量；組織審計(jì)專(zhuān)業(yè)培訓(xùn)。
    
　　審計(jì)署的職能、職責(zé)都變化了，那么履行它們的機(jī)構(gòu)設(shè)置及人員編制當(dāng)然也要同步變化。國(guó)務(wù)院本著精簡(jiǎn)的原則，對(duì)審計(jì)署的機(jī)構(gòu)及人事作了如下變動(dòng)：首先把審計(jì)署的機(jī)構(gòu)設(shè)置為三大部分，第一部分為內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)，包含12個(gè)職能司(廳)，機(jī)關(guān)行政編制為450名(含派出審計(jì)機(jī)構(gòu)人員編制)。各司(廳)的名稱(chēng)和編制分別是：辦公廳，編制42名；法制司，編制18名；財(cái)政審計(jì)司，編制22名；金融審計(jì)司，編制22名；行政事業(yè)審計(jì)司，編制16名；經(jīng)貿(mào)審計(jì)司，編制24名；農(nóng)業(yè)與資源環(huán)保審計(jì)司，編制16名；社會(huì)保障審計(jì)司，編制14名；固定資產(chǎn)投資審計(jì)司，編制18名；外資運(yùn)用審計(jì)司，編制16名；外事司，編制10名；人事教育司，編制16名。
    
　　第二部分為派出機(jī)構(gòu)。改革后的審計(jì)署擬設(shè)30個(gè)左右、現(xiàn)在實(shí)際已設(shè)立了25個(gè)派出機(jī)構(gòu)。每個(gè)派出審計(jì)機(jī)構(gòu)審計(jì)一個(gè)或幾個(gè)國(guó)務(wù)院部門(mén)、國(guó)務(wù)院直屬事業(yè)單位及其在京下屬單位的財(cái)務(wù)收支。各個(gè)派出機(jī)構(gòu)的名稱(chēng)和編制分別是：外交外事審計(jì)局，編制8名；發(fā)展計(jì)劃審計(jì)局，編制7名；經(jīng)濟(jì)審計(jì)一局，編制7名；經(jīng)濟(jì)審計(jì)二局，編制8名；貿(mào)易審計(jì)局，編制8名；國(guó)防工業(yè)審計(jì)局，編制6名；教育審計(jì)局，編制7名；科學(xué)技術(shù)審計(jì)局，編制7名；政法審計(jì)局，編制7名；民族宗教審計(jì)局，編制6名；監(jiān)察人事審計(jì)局，編制6名；資源環(huán)保審計(jì)局，編制8名；社會(huì)保障審計(jì)局，編制7名；建設(shè)建材審計(jì)局，編制8名；交通運(yùn)輸審計(jì)局，編制16名；信息郵政審計(jì)局，編制8名；農(nóng)林水審計(jì)局，編制8名；文化體育審計(jì)局，編制7名；衛(wèi)生藥品審計(jì)局，編制8名；海關(guān)審計(jì)局，編制7名；經(jīng)濟(jì)執(zhí)法審計(jì)局，編制7名；新聞通訊審計(jì)局，編制8名；旅游僑務(wù)審計(jì)局，編制7名；科學(xué)工程審計(jì)局，編制7名；地震氣象審計(jì)局，編制7名。除交通運(yùn)輸審計(jì)局下設(shè)4個(gè)處外，其他各局均下設(shè)2個(gè)處。
    
　　第三部分為派駐機(jī)構(gòu)。按照改革方案，審計(jì)署根據(jù)需要，跨地區(qū)派駐若干個(gè)審計(jì)特派員辦事處。特派員辦事處根據(jù)審計(jì)署的授權(quán)和安排，審計(jì)省級(jí)財(cái)政預(yù)算執(zhí)行情況和決算；審計(jì)海關(guān)總署、國(guó)家稅務(wù)總局、中央國(guó)庫(kù)駐地方分支機(jī)構(gòu)的財(cái)務(wù)收支；審計(jì)中國(guó)人民銀行、中央國(guó)有金融機(jī)構(gòu)、證券公司駐地方分支機(jī)構(gòu)的財(cái)政財(cái)務(wù)收支；審計(jì)監(jiān)督省級(jí)人民政府管理的資源環(huán)保資金、社會(huì)保障資金和其他專(zhuān)項(xiàng)資金；參加對(duì)派有稽察特派員的國(guó)有重點(diǎn)大型企業(yè)、國(guó)家重點(diǎn)建設(shè)項(xiàng)目和其他國(guó)有企業(yè)、國(guó)家建設(shè)項(xiàng)目的審計(jì)監(jiān)督；承辦審計(jì)署交辦的事項(xiàng)。審計(jì)署原設(shè)有16個(gè)駐地方特派員辦事處：上海、南京、武漢、長(zhǎng)沙、廣州、深圳、成都、昆明、濟(jì)南、鄭州、太原、西安、蘭州、沈陽(yáng)、哈爾濱和京津冀(設(shè)在天津)，共有編制2200多名，到目前為止，機(jī)構(gòu)、人員等尚未進(jìn)行改革。
    
　　通過(guò)上述幾個(gè)方面的改革，我國(guó)審計(jì)署的機(jī)構(gòu)設(shè)置及人員編制顯得更趨合理，也更能適應(yīng)當(dāng)前新形勢(shì)的需要，為我國(guó)經(jīng)濟(jì)的持續(xù)發(fā)展提供審計(jì)方面的保障和護(hù)航。