甲建筑工程有限公司（以下簡稱“甲公司”）2003年在土地交易中心受讓一塊面積1226.2平方米的國有土地使用權，經當地發(fā)改委審核批準擬進行房地產開發(fā)，并專門成立項目開發(fā)部（以下簡稱“該項目”），未成立獨立項目法人。由于資金不足，2006年，甲公司聯合該市乙房地產開發(fā)有限公司（以下簡稱“乙公司”）合作開發(fā)該項目。合作協議約定，雙方共同出資1000萬元，其中甲公司出資52%，乙公司出資48%，待開發(fā)完畢，依此比例分配開發(fā)產品。2009年，因開發(fā)過程中雙方出現嚴重分歧，甲公司將該項目整體轉讓給乙公司，乙公司支付甲公司出資額520萬元。
2011年，在房地產稅收專項檢查中，稽查人員發(fā)現，甲公司、乙公司在該項目轉讓過程中未辦理契稅納稅申報手續(xù)。檢查人員對合作開發(fā)者間進行項目整體轉讓的情形如何征收契稅存在兩個疑問：一是項目開發(fā)過程中，合作者間進行項目轉讓要不要征收契稅？二是契稅的計稅依據如何確認？
甲公司將未開發(fā)完的項目整體轉讓給乙公司，房屋尚未建成，應定性為土地轉讓行為。根據《契稅暫行條例》的規(guī)定，境內轉移土地，房屋權屬，承受的單位和個人為契稅的納稅人，而土地使用權轉讓屬于轉移土地的行為，乙公司應就轉讓環(huán)節(jié)承受土地的行為履行契稅納稅義務。
根據轉讓協議，乙公司給付甲公司的520萬元項目轉讓款，不含乙公司的前期投入成本。稽查人員在案件辦理過程中，針對契稅計稅依據如何確認有兩種意見：一是按照乙公司付給甲公司的520萬元項目轉讓款為準；二是按照最初取得土地的成本加經評估后的土地增值部分確認轉讓收入，也就是乙公司實際支付額520萬元加上乙公司實際投入資金作為計稅依據。財政部、國家稅務總局《關于使用權轉讓契稅計稅依據的批復》（財稅[2007]162號）規(guī)定，土地使用者將土地使用權及所附建筑物、構筑物等（包括在建的房屋、其他建筑物、構筑物和其他附著物）轉讓給他人的，應按照轉讓的總價款計征契稅。甲公司、乙公司在該項目轉讓中，協議轉讓金額520萬元是否可認定為文件中所指的轉讓總價款，須進行法理分析。在法理上，甲公司、乙公司合作開發(fā)該項目，未成立獨立的項目法人，乙公司在前期的投入應認定為對甲公司的債權性投資（經調查，乙公司前期投入成本450萬元），對甲公司來講，會計分錄為：
借：開發(fā)成本 4500000
貸：長期應付款 4500000
轉讓款520萬元實際為該項目經評估增值后的總價值抵扣甲公司對乙公司債務（乙公司投入成本450萬元）后的差額，對乙公司來講，會計分錄為：
借：開發(fā)成本 5200000
貸：銀行存款 5200000
在不考慮契稅征收評估價格的情況下，契稅計稅依據應以上述第二種意見為準，以乙公司實際支付額520萬元加上乙公司實際投入資金作為計稅依據征收契稅（實際投入450萬元，當地契稅稅率為4%），應繳契稅（520＋450）×4%＝38.8（萬元）。會計分錄為：
借：開發(fā)成本 388000
貸：銀行存款 388000