新企業(yè)所得稅納稅申報表重新明確了《國家稅務(wù)總局關(guān)于工會經(jīng)費稅前扣除問題的通知》（國稅函〔2000〕678號）中所稱每月全部職工工資，是指按稅收規(guī)定允許稅前扣除的工資額。該數(shù)額是允許稅前扣除的工會經(jīng)費的計算基數(shù)，未提供繳納工會經(jīng)費專用繳款收據(jù)的，計提的工會經(jīng)費全額納稅調(diào)增。
這與當(dāng)前主流媒體就工會費的計提基數(shù)的解釋有些沖突，如有觀點依據(jù)《工會法》第四十二條規(guī)定“工會經(jīng)費的來源包括：（一）工會會員繳納的會費；（二）建立工會組織的企業(yè)、事業(yè)單位、機關(guān)按每月全部職工工資總額的2%向工會撥繳的經(jīng)費；” 《立法法》第七十九條第一款規(guī)定，法律的效力高于行政法規(guī)、地方性法規(guī)、規(guī)章，《工會法》是由全國人大常委會通過的法律，而《企業(yè)所得稅暫行條例》是由國務(wù)院制定的行政法規(guī)，前者是上位法，后者是下位法，因此當(dāng)兩者發(fā)生沖突時，應(yīng)適用上位法，即按工資總額的2%在稅前扣除工會經(jīng)費。
2005年 1月21日，中華全國總工會和國家稅務(wù)總局聯(lián)合下發(fā)了《關(guān)于進一步加強工會經(jīng)費稅前扣除管理的通知》（總工發(fā)〔2005〕9號），對工會經(jīng)費的稅前扣除作了進一步明確：凡依法建立工會組織的企業(yè)、事業(yè)單位以及其他組織，每月按照全部職工工資總額的2%向工會撥繳工會經(jīng)費，并憑工會組織開具的工會經(jīng)費撥繳款專用收據(jù)在稅前扣除。工資總額按照國家統(tǒng)計局《關(guān)于工資總額組成的規(guī)定》（1990年第1號令）頒布的標準執(zhí)行，工資總額組成范圍內(nèi)的各種獎金、津貼和補貼等，均計算在內(nèi)。但總局[2006]56號文新的申報表重又強調(diào)按稅收規(guī)定允許稅前扣除的工資額，在聯(lián)合發(fā)文尚未作廢之時，是否是有文件打架之嫌？有待總局進一步明確。