問題內(nèi)容：新辦物流企業(yè)由于資源與地方規(guī)定自開票有差距，代開發(fā)票由主管地方稅務(wù)機(jī)關(guān)按發(fā)票金額3.3預(yù)征所得稅，國稅規(guī)定我們實(shí)行查賬征收、需要按季按25%稅率征收所得稅、并當(dāng)期不得抵減開具發(fā)票時(shí)已向地稅機(jī)關(guān)已預(yù)交3.3的所得稅、有法律依據(jù)嗎？我們認(rèn)為向國稅機(jī)關(guān)申報(bào)所得稅時(shí)應(yīng)當(dāng)將向地稅機(jī)關(guān)預(yù)交的3.3%所得稅作為國稅申報(bào)時(shí)的已經(jīng)預(yù)交數(shù)進(jìn)行抵減、年終進(jìn)行匯算清繳才符合稅法的立法原則，請問相關(guān)法律依據(jù)級規(guī)定。
回復(fù)內(nèi)容：根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于貨物運(yùn)輸業(yè)若干稅收問題的通知》（國稅發(fā)[2004]第088號）文件的規(guī)定：
四、關(guān)于貨運(yùn)發(fā)票開具問題（一）按代開票納稅人管理的所有單位和個(gè)人（包括外商投資企業(yè)、特區(qū)企業(yè)和其他單位、個(gè)人），凡按規(guī)定應(yīng)當(dāng)征收營業(yè)稅，在代開貨物運(yùn)輸業(yè)發(fā)票時(shí)一律按開票金額3%征收營業(yè)稅，按營業(yè)稅稅款7%預(yù)征城建稅，按營業(yè)稅稅款3%征收教育附加費(fèi)。同時(shí)按開票金額3.3%預(yù)征所得稅，預(yù)征的所得稅年終時(shí)進(jìn)行清算。但代開票納稅人實(shí)行核定征收企業(yè)所得稅辦法的，年終不再進(jìn)行所得稅清算。
因此，貴公司代開發(fā)票時(shí)預(yù)征的所得稅在年終時(shí)進(jìn)行清算。