由于國內出口企業(yè)眾多，出口貨物數(shù)目龐大。為節(jié)約成本，多數(shù)企業(yè)將具體的通關手續(xù)交由代理報關企業(yè)辦理。
據(jù)了解，當前報關代理企業(yè)基本上都為客戶（出口企業(yè)）提供“一攬子通關服務”，但其辦理通關手續(xù)時，須為客戶（出口企業(yè)）墊付辦理手續(xù)所生成的費用，如進出口艙單編號和換單費、海關證明聯(lián)打印費、出口退稅證明聯(lián)簽署費、報關單預錄入費、海關查驗費、商檢驗貨費、報檢換證處證費、箱體檢驗檢疫錄入費、查驗擺箱費、港口建設費、港口保安費、運雜費、倉儲費等，種類多達十幾種。因此，報關代理企業(yè)在和客戶（出口企業(yè)）結算時，收取的款項有兩部分：代理報關的服務收費和代墊費用。
一般情況下，代墊費用約為服務收費的3倍，占收取總款項的70%左右。其中代理報關服務的收入為企業(yè)的營業(yè)收入，應計征營業(yè)稅。代墊費用不是企業(yè)的營業(yè)收入，不應屬于營業(yè)稅的征收對象。但是長期以來，報關企業(yè)使用“服務業(yè)定額發(fā)票”或“服務業(yè)、娛樂業(yè)、文化體育業(yè)專用發(fā)票”，發(fā)票票面金額是服務收費和代墊費用的合計，即代墊費用實際上計征營業(yè)稅，這顯然不盡合理。
為此，國家稅務總局于2006年12月31日下發(fā)了《關于加強代理報關業(yè)務營業(yè)稅管理的有關問題的通知》（國稅函[2006]1310號），明確要求各地稅務部門扣除13項代墊費用后，將余額作為計稅營業(yè)額，計征報關企業(yè)的營業(yè)稅。該《通知》的頒發(fā)受到報關企業(yè)的歡迎，但在實施過程中，由于難以在原有發(fā)票上區(qū)分并扣除報關企業(yè)的各項代墊費用，因而在執(zhí)行層面上仍未能徹底解決代墊費用征稅問題。
為徹底解決報關代理業(yè)代墊費用征稅問題，規(guī)范發(fā)票使用，減輕企業(yè)負擔，國家稅務總局日前正式下發(fā)了《關于統(tǒng)一報關代理業(yè)專用發(fā)票有關問題的通知》（國稅函[2008]417號），規(guī)定凡從事報關代理業(yè)務的企業(yè)，從2008年8月1日起，在辦理報關代理業(yè)務收取款項時，須開具地方稅務機關統(tǒng)一印制的《報關代理業(yè)專用發(fā)票》�！秷箨P代理業(yè)專用發(fā)票》一式四聯(lián)，專門設置了服務收費和代墊費用兩個填寫區(qū)域，凸現(xiàn)了差額征稅的功能，有利于提高稅務部門稅收征管質量，也有利于規(guī)范報關經(jīng)營行為，為報關行業(yè)的發(fā)展創(chuàng)造良好的市場環(huán)境。
