實際上，資源稅改革的首要難題還不在行業(yè)、企業(yè)層面，而是其收入歸屬問題。
一個未被證實的消息是：改革后，中央將和地方進行資源稅稅收分成。對此消息，財政部和稅務(wù)總局均未給出正面回答，不過他們都強調(diào)，改革的推出，在指導(dǎo)思想上均會充分考慮地方利益。
資源稅屬于地方稅，目前雖很大程度上成為各級地方政府收費的平臺，但稅收立法權(quán)不在地方，而是由中央統(tǒng)一立法。
業(yè)內(nèi)人士一致認(rèn)為，資源為全民共有，因其價格上漲而帶來的額外收益，大部分應(yīng)該歸國家所有，合理的分配應(yīng)該是中央和地方都從中有所收益，這樣才更利于把這些收益用在全體國民身上。
于此同時，為防止稅改過程中導(dǎo)致部門利益的反彈，并且考慮當(dāng)?shù)刂卫憝h(huán)境和提供公共物品的需要，應(yīng)該進行合理分成。但如何制定一個合理的分成比例，做到既重視資源屬地利益，又兼顧稅制改革，難度不小。
當(dāng)然也有人擔(dān)心，一些以資源開采為經(jīng)濟支柱的中西部地區(qū)，資源稅是當(dāng)?shù)卣峁└咚降墓卜⻊?wù)、改善環(huán)境、開發(fā)后續(xù)產(chǎn)業(yè)的持續(xù)資金來源，稅收分成，可能對地方財政造成影響。
“即便是分成，中央肯定會充分考慮地方利益，很有可能采取增量分成的方式。”財政部財政科學(xué)研究所稅收研究室主任孫剛說。在他看來，資源稅畢竟是小稅種，盡管是中西部地區(qū)，地方政府財政收入中資源稅的占比也不會很大。更大可能是，改革后采取增量分成，非但不會造成地方稅收減少，提高稅收標(biāo)準(zhǔn)，還會增加地方財政的收入。
來自廣西南丹縣的數(shù)據(jù)支持了孫剛的說法——這個以銻礦和錫礦產(chǎn)業(yè)為主，被譽為有色金屬之都的西部城市，2005年財政收入為4.3億元，其中資源稅800多萬元，占比不到2％。“現(xiàn)在銻礦的價格已經(jīng)飆升到41000元/噸，如果按照價格來征收資源稅，即便是分成，財政收入無疑也會增加�！痹摽h政府一位官員稱。
“其實增量分成對地方政府還是存在一定影響，特別是落后地區(qū)的地方財政。同樣增加一塊錢，對地方和中央財政效果還是不一樣的，這背后涉及到中央和地方的財權(quán)、事權(quán)的分配問題，”楊志勇說，“所以一定會存在一個協(xié)調(diào)的問題�！�
