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親愛的學員，您好！很高興能為您提供幫助，您的問題答復如下：
企業(yè)內部控制審計與財務報表審計進行整合的基礎包括：兩者都關注財務報告的準確性和可靠性，以及企業(yè)內部控制系統(tǒng)的設計和運行有效性。整合審計可以提高效率，減少重復工作，并提供更全面的風險評估。但是，具體到背景中提到的情況，A注冊會計師僅測試了變更之后的內部控制設計和運行的有效性，這是基于內部控制審計的要求，而非整個財務報表期間的控制測試要求。這表明在特定情況下，如信息系統(tǒng)升級導致內部控制變化時，可以只關注變化后的控制環(huán)境。
祝您學習愉快！