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是的，自收自支事業(yè)單位也需要使用預算一體化系統(tǒng)進行做賬。預算一體化系統(tǒng)是為了加強事業(yè)單位的預算管理、資金管理、會計核算和監(jiān)督等工作的信息化、規(guī)范化而建立的一套集成化的管理系統(tǒng)。通過該系統(tǒng)，事業(yè)單位可以實現(xiàn)各項預算、收支、核算等業(yè)務的全面管理，提高管理效率和準確性，同時也有助于加強監(jiān)督和規(guī)范管理流程。因此，自收自支事業(yè)單位也需要按照相關規(guī)定和要求，使用預算一體化系統(tǒng)進行做賬，并確保數(shù)據(jù)的真實、準確和完整。