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是的，乙公司可以在申報個稅時扣除其個人社保部分，以及按工資薪金申報。根據(jù)國家稅務(wù)總局實施的《企業(yè)所得稅專項附加扣除暫行辦法》，用工單位承擔(dān)了職工個人繳納的社會保險費、住房公積金等，符合條件的用工單位可以享受企業(yè)所得稅專項附加扣除，即可以把扣除的費用，按一定的比例由企業(yè)所得稅以外計入其企業(yè)所得稅所得額。因此，乙公司可以在申報個稅時扣除其個人社保部分，按工資薪金申報。 此外，納稅人在繳納個人所得稅時，如果滿足相關(guān)條件，還可以適用新個稅法實施后規(guī)定的財政部門確定政策性稅收優(yōu)惠政策，例如稅率減讓、抵扣等，以形成更豐富的稅收減免政策，減輕納稅人的稅負壓力。