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根據(jù)相關(guān)收入稅法規(guī)定，收入歸屬取決于主體所在地。你提到的情況當(dāng)中，項目的主體是總公司，所以開票收款應(yīng)當(dāng)由總公司進行。一般來說，雙方合同歸屬地不同，分支機構(gòu)應(yīng)當(dāng)把收入、稅務(wù)等轉(zhuǎn)賬給總公司，而不是以總公司名義收取收入，以免形成兩個實體之間的收付款循環(huán)。另外，總公司在繳納增值稅和所得稅時，應(yīng)當(dāng)綜合考慮所有分公司收支情況，按照各分公司注冊地屬性將收入納入稅收系統(tǒng)。從另一方面來說，對主體所在地注冊的分公司發(fā)生的收支情況，總公司在繳納增值稅和所得稅時，也可以按照分公司的名義實現(xiàn)收入的代扣代繳。