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根據(jù)相關(guān)法律法規(guī)，開具的農(nóng)業(yè)合作社免稅發(fā)票是可以按票面9%來進(jìn)行抵扣的。具體的操作方式是：首先拿到發(fā)票的單位應(yīng)當(dāng)進(jìn)行審核，校驗發(fā)票的真實性，確認(rèn)發(fā)票的內(nèi)容符合當(dāng)?shù)氐囊?，再依?jù)發(fā)票的金額精確計算出免稅發(fā)票的金額，然后在記錄發(fā)票的信息，根據(jù)免稅發(fā)票金額乘以9%的稅率，把發(fā)票的金額抵扣稅費。 此外，值得注意的是，農(nóng)業(yè)合作社免稅發(fā)票除了可以 9% 抵扣稅率外，還有其他一些使用限制，如需使用非增值稅發(fā)票的抵扣，需要滿足特定的條件，可以在當(dāng)?shù)囟悇?wù)局的網(wǎng)站上查詢相關(guān)資料。而且，開具的農(nóng)業(yè)合作社免稅發(fā)票需要在一定時間內(nèi)進(jìn)行使用，否則可能會造成該發(fā)票失效，被視為無效票證，無法抵扣稅費。