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處理已抵扣的增值稅進(jìn)項稅額因票據(jù)不合規(guī)的，需要依照《企業(yè)所得稅暫行條例》和《增值稅暫行條例》有關(guān)規(guī)定辦理，一般有兩種處理方式：一、自行申報重新計算稅額：若票據(jù)被發(fā)現(xiàn)有不合規(guī)的，則應(yīng)重新按照有效票據(jù)的規(guī)定進(jìn)行計算，計算后的稅額減去原抵扣的稅額即為實際應(yīng)付的稅額，由企業(yè)自行申報納稅；二、稅務(wù)機(jī)關(guān)核實后重新計算稅額：企業(yè)應(yīng)當(dāng)把不符合規(guī)定的票據(jù)交給稅務(wù)機(jī)關(guān)核實，稅務(wù)機(jī)關(guān)審核完畢，如果發(fā)現(xiàn)確有不合規(guī)的，則將企業(yè)根據(jù)有效票據(jù)重新計算出來的稅額，減去原抵扣的稅額，即為實際應(yīng)付的稅款，由企業(yè)及時繳納。 至于增值稅附加稅可根據(jù)不合規(guī)的票據(jù)的類型分別進(jìn)行判斷，一般若是補(bǔ)開發(fā)票給供應(yīng)商的，則企業(yè)需要根據(jù)應(yīng)納稅額重新計算，以實際應(yīng)納稅額為準(zhǔn)補(bǔ)繳增值稅附加稅，未補(bǔ)繳稅款可以抵扣未來申報的稅款，如果是收到供應(yīng)商補(bǔ)足票據(jù)后，需要把補(bǔ)繳稅款申報給稅務(wù)機(jī)關(guān)，加上追回利息，一起繳納。 總之，對于已抵扣的增值稅進(jìn)項稅額因票據(jù)不合規(guī)的情況，企業(yè)應(yīng)及時重新計算稅額，按照有效票據(jù)的規(guī)定申報納稅，并補(bǔ)繳相應(yīng)的增值稅附加稅費(fèi)。 拓展知識：從2020年1月1日起，稅務(wù)管理機(jī)關(guān)開展增值稅改革，取消進(jìn)項稅額抵扣，由工商銀行直接代扣代繳，前減收的進(jìn)項稅額和此前抵扣的增值稅進(jìn)項稅額，將按照規(guī)定繼續(xù)存放到企業(yè)專用賬戶，再供使用。