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根據(jù)《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》以及各地地方稅務(wù)局頒布的有關(guān)稅收優(yōu)惠政策，公司付款給個人，個人開票給公司，代扣代繳稅額會根據(jù)以下幾個方面進行計算： 一、稅前收入。公司付款給個人提供的收入計入到稅前收入中，稅前收入是計算個人所得稅額的基礎(chǔ)。 二、稅后收入。稅后收入是指在扣除個人所得稅，個人財產(chǎn)稅，增值稅后的收入，也是計算代扣代繳稅額的依據(jù)。 三、計稅基數(shù)。根據(jù)計稅基數(shù)，即稅前收入減去專項附加扣除、專項扣除、允許抵扣金額或其他規(guī)定抵扣額后的金額，以此計算出個人所得稅額。 四、個人所得稅比例及速算扣除數(shù)。根據(jù)計稅基數(shù)，確定個人所得稅的相關(guān)稅率及速算扣除數(shù)，以此計算出個人所得稅額，進而計算出公司付款給個人，個人開票給公司，代扣代繳稅額。 五、免稅額及減稅額。個人所得稅是扣除個人所得稅額的，根據(jù)《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》，有關(guān)減稅額及免稅額可以根據(jù)不同情況進行相應(yīng)的扣除，以此計算出最終需要代扣代繳稅額。 拓展知識：如果企業(yè)支付個人報銷金額，并申請從個人報賬單中扣除稅款，那么需要在付款時將報賬單和扣除憑據(jù)一并寄送給稅務(wù)機關(guān)，以確保企業(yè)的稅款扣除正確。