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增值稅制度性留底退稅是一種普遍采用的稅收優(yōu)惠政策，讓企業(yè)以更低的稅率來繳納稅款，減輕企業(yè)稅負的一種稅收優(yōu)惠政策。操作方法如下： （1）繳納稅款前：企業(yè)應在提交稅款單據(jù)時，核對本期稅款扣繳后剩余數(shù)額，若稅款留底數(shù)額大于指定金額，企業(yè)有權在大額抵扣稅款前申請留底退稅； （2）申請留底退稅：企業(yè)按要求提供相關證明材料，并經稅務機關審核，申請辦理增值稅制度性留底減免； （3）簽訂協(xié)議書：企業(yè)和稅務機關應根據(jù)審核結果，簽訂減免協(xié)議書，書面明確留底金額和減免條件； （4）繳納稅款后：企業(yè)繳納完稅款后，依據(jù)減免協(xié)議書，向稅務機關申請按約定減免稅款金額； （5）稅收減免：稅務機關確認減免申請后，企業(yè)可以按照協(xié)議書的約定，直接從稅款中減免部分稅款，實現(xiàn)留底退稅的目的。 在申請留底退稅的過程中，企業(yè)應當注意稅收優(yōu)惠政策的變化，以免影響到本次退稅的減免數(shù)額。另外，企業(yè)在提交稅款單據(jù)時要按照規(guī)定的格式和要求提供完整的資料，以便更有效地完成稅務稽查程序。 拓展知識：除了增值稅制度性留底退稅外，企業(yè)還可以申請增值稅進項稅額抵扣、增值稅減免等稅收優(yōu)惠政策，減輕企業(yè)稅負。