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企業(yè)根據經營需要可以設立分公司，對于跨地區(qū)設立分公司后，總分公司如何計算繳納所得稅，很多企業(yè)不知道如何操作。其實早在2008年、2009年國家稅務局就先后發(fā)布了多個文件予以規(guī)范，2012年末又根據之前的文件修訂后發(fā)布了國家稅務總局關于印發(fā)《跨地區(qū)經營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理辦法》的公告（國家稅務總局公告2012年第57號）。設立分公司的企業(yè)應該了解有關的規(guī)定，才能夠正確的計算納稅并申報。 　　首先，需要了解總機構和具有主體生產經營職能的二級分支機構，應該就地分攤繳納企業(yè)所得稅。但并不是所有的分支機構都需要就地繳納，以下二級分支機構不就地分攤繳納企業(yè)所得稅： 　　1、不具有主體生產經營職能，且在當地不繳納增值稅、營業(yè)稅的產品售后服務、內部研發(fā)、倉儲等匯總納稅企業(yè)內部輔助性的二級分支機構，不就地分攤繳納企業(yè)所得稅。 　　2、上年度認定為小型微利企業(yè)的，其二級分支機構不就地分攤繳納企業(yè)所得稅。 　　3、新設立的二級分支機構，設立當年不就地分攤繳納企業(yè)所得稅。 　　4、當年撤銷的二級分支機構，自辦理注銷稅務登記之日所屬企業(yè)所得稅預繳期間起，不就地分攤繳納企業(yè)所得稅。 　　5、匯總納稅企業(yè)在中國境外設立的不具有法人資格的二級分支機構，不就地分攤繳納企業(yè)所得稅。 　　其次，總分機構所得稅不是根據各自的賬面利潤計算的，而是由總機構統(tǒng)一計算后按照一定的比例分攤，然后再總分機構的所在地根據分攤比例就地繳納。計算涉及到的公式如下： 　　1、總機構分攤稅款=匯總納稅企業(yè)當期應納所得稅額×50％ 　　2、所有分支機構分攤稅款總額=匯總納稅企業(yè)當期應納所得稅額×50％ 　　3、某分支機構分攤稅款=所有分支機構分攤稅款總額×該分支機構分攤比例 　　總機構應按照上年度分支機構的營業(yè)收入、職工薪酬和資產總額三個因素計算各分支機構分攤所得稅款的比例；三級及以下分支機構，其營業(yè)收入、職工薪酬和資產總額統(tǒng)一計入二級分支機構；三因素的權重依次為0.35、0.35、0.30。 　　計算公式如下： 　　某分支機構分攤比例=（該分支機構營業(yè)收入／各分支機構營業(yè)收入之和）×0.35+（該分支機構職工薪酬／各分支機構職工薪酬之和）×0.35+（該分支機構資產總額／各分支機構資產總額之和）×0.30 　　其中，分支機構營業(yè)收入，是指分支機構銷售商品、提供勞務、讓渡資產使用權等日常經營活動實現(xiàn)的全部收入。其中，生產經營企業(yè)分支機構營業(yè)收入是指生產經營企業(yè)分支機構銷售商品、提供勞務、讓渡資產使用權等取得的全部收入。金融企業(yè)分支機構營業(yè)收入是指金融企業(yè)分支機構取得的利息、手續(xù)費、傭金等全部收入。保險企業(yè)分支機構營業(yè)收入是指保險企業(yè)分支機構取得的保費等全部收入。 　　分支機構職工薪酬，是指分支機構為獲得職工提供的服務而給予各種形式的報酬以及其他相關支出。 　　分支機構資產總額，是指分支機構在經營活動中實際使用的應歸屬于該分支機構的資產合計額。 　　再次，要了解所得稅如何預交。匯總納稅企業(yè)應根據當期實際利潤額，按照辦法規(guī)定的預繳分攤方法計算總機構和分支機構的企業(yè)所得稅預繳額，分別由總機構和分支機構就地預繳；在規(guī)定期限內按實際利潤額預繳有困難的，也可以按照上一年度應納稅所得額的1/12或1/4，按照辦法規(guī)定的預繳分攤方法計算總機構和分支機構的企業(yè)所得稅預繳額，分別由總機構和分支機構就地預繳。預繳方法一經確定，當年度不得變更。 　　總機構應將本期企業(yè)應納所得稅額的50%部分，在每月或季度終了后15日內就地申報預繳。總機構應將本期企業(yè)應納所得稅額的另外50%部分，按照各分支機構應分攤的比例，在各分支機構之間進行分攤，并及時通知到各分支機構；各分支機構應在每月或季度終了之日起15日內，就其分攤的所得稅額就地申報預繳。 　　匯總納稅企業(yè)預繳申報時，總機構除報送企業(yè)所得稅預繳申報表和企業(yè)當期財務報表外，還應報送匯總納稅企業(yè)分支機構所得稅分配表和各分支機構上一年度的年度財務報表（或年度財務狀況和營業(yè)收支情況）；分支機構除報送企業(yè)所得稅預繳申報表（只填列部分項目）外，還應報送經總機構所在地主管稅務機關受理的匯總納稅企業(yè)分支機構所得稅分配表。 　　最后，所得稅匯算清繳如何操作。匯總納稅企業(yè)匯算清繳時，由總機構匯總計算企業(yè)年度應納所得稅額，扣除總機構和各分支機構已預繳的稅款，計算出應繳應退稅款，按照規(guī)定的稅款分攤方法計算總機構和分支機構的企業(yè)所得稅應繳應退稅款，分別由總機構和分支機構就地辦理稅款繳庫或退庫。涉及退稅時，也可經總、分機構同意后分別抵繳其下一年度應繳企業(yè)所得稅稅款。匯總納稅企業(yè)匯算清繳時，總機構除報送企業(yè)所得稅年度納稅申報表和年度財務報表外，還應報送匯總納稅企業(yè)分支機構所得稅分配表、各分支機構的年度財務報表和各分支機構參與企業(yè)年度納稅調整情況的說明；分支機構除報送企業(yè)所得稅年度納稅申報表（只填列部分項目）外，還應報送經總機構所在地主管稅務機關受理的匯總納稅企業(yè)分支機構所得稅分配表、分支機構的年度財務報表（或年度財務狀況和營業(yè)收支情況）和分支機構參與企業(yè)年度納稅調整情況的說明。 　　從上述規(guī)定可以看出，匯算清繳的主體仍然是總機構，分支機構并不需要進行年度納稅調整，自行計算應納稅所得額和應納稅額，只是根據總機構填報的分配表中應繳應退的稅款，就地申報補退稅。為了保證匯繳工作的順利進行，也需要分支機構填列年度納稅申報表，但只需要填列有限的幾項，與總機構的年度納稅申報完全是兩個概念。同時，為便利就地實施稅務檢查，也需要分支機構報送參與企業(yè)年度納稅調整情況的說明，該說明由總機構確認后提交，涉及需由總機構統(tǒng)一計算調整的項目不進行說明。