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一般有兩種處理方式，按罰款后的金額開發(fā)票和按整體金額開發(fā)票都有可能，具體如下： 按罰款后的金額開發(fā)票 - 如果客戶扣除的罰款屬于銷售折讓性質，即因產品或服務質量等問題導致客戶對部分價款進行扣除，那么可以按照扣除罰款后的實際收款金額開具發(fā)票。 - 在發(fā)票備注欄中注明罰款及相關情況，以便清晰記錄和稅務處理，同時需要根據《國家稅務總局關于紅字增值稅發(fā)票開具有關問題的公告》規(guī)定，如之前已開具全額發(fā)票，需就折讓金額開具紅字發(fā)票沖銷。 按整體金額開發(fā)票 - 若客戶扣除的罰款不屬于銷售折讓，而是一種違約賠償或其他性質的罰款，且不影響合同主體業(yè)務的應稅收入確認，通常應按合同約定的整體金額開具發(fā)票。 - 對于扣除的罰款，企業(yè)可將其作為營業(yè)外支出處理，但需注意取得相關的罰款通知單、轉賬支付記錄等作為企業(yè)所得稅稅前扣除的憑證。