1997年財政部、原國家科委頒布的《科學事業(yè)單位財務制度》（財文字[1997]第25號）是規(guī)范科學事業(yè)單位財務管理的重要依據(jù)。隨著我國公共財政體制的逐步完善和科技體制改革的不斷深入，部分內(nèi)容已經(jīng)不能完全適應新形勢、新要求。為進一步規(guī)范科學事業(yè)單位財務行為，加強財務管理和監(jiān)督，提高資金使用效益，促進科技事業(yè)健康發(fā)展，財政部會同科技部對原制度進行了修訂，修訂后的《科學事業(yè)單位財務制度》(財教[2012]第502號)于2012年12月28日公布，并于2013年1月1日起實施。
根據(jù)2012年修訂的《事業(yè)單位財務規(guī)則》（財政部令第68號），結(jié)合科學事業(yè)單位實際，這次修訂遵循了保持現(xiàn)有科學事業(yè)單位財務制度框架、體現(xiàn)財政改革相關(guān)成果、堅持科學事業(yè)單位的公益屬性、突出科學化精細化管理要求的基本原則，增設(shè)了“內(nèi)部成本費用管理”和“財務監(jiān)督”兩章，增加了三十二條，共分十三章八十五條，包括總則、單位預算管理、收入管理、支出管理、結(jié)轉(zhuǎn)和結(jié)余管理、專用基金管理、資產(chǎn)管理、負債管理、內(nèi)部成本費用管理、財務清算、財務報告和財務分析、財務監(jiān)督和附則。修訂的主要內(nèi)容有：
適應財政改革的新要求，加強科學事業(yè)單位預算、收支和結(jié)轉(zhuǎn)結(jié)余管理。《事業(yè)單位財務規(guī)則》是規(guī)范事業(yè)單位財務活動的最高層次法規(guī)，是《科學事業(yè)單位財務制度》的“上位法”。適應財政改革的新要求，同時根據(jù)修訂后《事業(yè)單位財務規(guī)則》的新規(guī)定，加強了科學事業(yè)單位的預算、收支和結(jié)轉(zhuǎn)結(jié)余管理。一是按照部門預算改革的要求，進一步規(guī)范單位預算編制，要求單位所有的收入和支出全部納入單位預算，完善了預算編制程序；加強預算執(zhí)行管理，嚴格預算執(zhí)行制度，盡量減少預算執(zhí)行過程中的調(diào)整；增加決算管理內(nèi)容，強化決算管理，體現(xiàn)預決算管理的完整性。二是規(guī)范和加強了收入支出管理。實行了“大收大支”管理，進一步健全了科學事業(yè)單位收支管理制度。修改完善財政補助收入和事業(yè)支出的定義，在事業(yè)收入中新增教學活動收入，在支出管理中增加了部門預算、國庫集中支付、政府采購、票據(jù)管理等制度改革和管理有關(guān)要求。三是完善結(jié)轉(zhuǎn)和結(jié)余資金管理。將原結(jié)余劃分為結(jié)轉(zhuǎn)和結(jié)余并實行不同管理；將結(jié)轉(zhuǎn)和結(jié)余又劃分為財政撥款結(jié)轉(zhuǎn)和結(jié)余、非財政撥款結(jié)轉(zhuǎn)和結(jié)余兩部分，并分別作出原則性規(guī)定，以滿足對這兩類不同性質(zhì)的資金管理需要。
結(jié)合科學事業(yè)單位業(yè)務特點，加強科研項目資金管理。開展科研活動是科學事業(yè)單位的主要業(yè)務活動，《財務制度》大大充實了科研項目財務管理的內(nèi)容。一是加強了科研項目預算管理。明確單位是科研項目預算管理的責任主體，對科學、合理、真實地編制科研項目預算提出了明確要求，并規(guī)定科研項目經(jīng)費預算要按要求進行公開等。二是加強了科研項目經(jīng)費支出管理。明確規(guī)定科研項目資金，應當按照國家有關(guān)規(guī)定或者合同要求進行管理，不得截留、擠占、挪用和違反規(guī)定轉(zhuǎn)撥資金，不得虛列支出，不得以任何形式謀取私利。三是加強了科研項目資金結(jié)轉(zhuǎn)結(jié)余管理。針對目前部分科研項目存在結(jié)題后長期掛賬、不按規(guī)定結(jié)題結(jié)賬、對結(jié)轉(zhuǎn)結(jié)余經(jīng)費不按規(guī)定執(zhí)行等情況，對科研項目資金結(jié)轉(zhuǎn)結(jié)余進行了規(guī)范。
加強科學事業(yè)單位資產(chǎn)管理，規(guī)范了內(nèi)部成本費用核算。一是根據(jù)形勢的變化，新制度提高了固定資產(chǎn)單位價值標準，將單位價值從500元以上提高到1000元以上。二是明確規(guī)定單位應當在保證正常運轉(zhuǎn)和事業(yè)發(fā)展的前提下對外投資，并履行相關(guān)審批程序。強調(diào)科學事業(yè)單位不得使用財政撥款及其結(jié)余進行對外投資，不得從事股票、期貨、基金、企業(yè)債券等投資。三是針對科學事業(yè)單位的實際，要求單位建立資產(chǎn)共享共用制度。四是明確規(guī)定對固定資產(chǎn)計提折舊，對無形資產(chǎn)進行攤銷，以真實反映單位固定資產(chǎn)和無形資產(chǎn)的價值，為實施內(nèi)部成本費用管理打下基礎(chǔ)，創(chuàng)造便利條件。同時，對固定資產(chǎn)計提折舊辦法和無形資產(chǎn)攤銷辦法作了原則性規(guī)定，規(guī)定折舊和攤銷不在單位當期支出中反映，對單位的正常支出管理不產(chǎn)生沖擊。
為更好地為財政部門研究制定科研項目相關(guān)支出標準以及核定科研項目預算提供參考，也為有關(guān)科技主管部門進行科技管理決策、合理高效配置科技資源提供有力支撐，《財務制度》規(guī)定具備條件的科學事業(yè)單位應當在支出管理的基礎(chǔ)上，按照財務主管部門和財政部門的要求或者根據(jù)業(yè)務發(fā)展需要，以科研項目為基本核算對象實施內(nèi)部成本費用管理�！敦攧罩贫取穼�(nèi)部成本核算的對象、方法、各類成本費用的界定和劃分等進行了統(tǒng)一的規(guī)定，建立起比原制度更加規(guī)范的成本費用管理辦法，促進科學事業(yè)單位加強經(jīng)濟核算，加強績效管理。
加強財務監(jiān)督，建立健全科學事業(yè)單位財務監(jiān)督制度。財務監(jiān)督是科學事業(yè)單位財務管理的重要組成部分，為了建立健全財務監(jiān)督制度，《財務制度》增設(shè)了“財務監(jiān)督”一章。一是規(guī)定了財務監(jiān)督的主要內(nèi)容，要求對單位財務運行的全過程實施監(jiān)督，包括對預算管理、收入管理、支出管理、科研項目資金管理、結(jié)轉(zhuǎn)和結(jié)余管理、專用基金管理、資產(chǎn)管理、負債管理等的監(jiān)督。二是明確了財務監(jiān)督機制，實行事前監(jiān)督、事中監(jiān)督、事后監(jiān)督相結(jié)合，日常監(jiān)督與專項監(jiān)督相結(jié)合。三是規(guī)定了內(nèi)部和外部監(jiān)督制度，要求單位應當建立健全內(nèi)部控制制度、經(jīng)濟責任制度、財務信息披露制度等監(jiān)督制度，并依法接受財務主管部門和財政、審計部門的監(jiān)督。
目前，財政部、科技部還對《財務制度》的貫徹落實工作做出布置，制定了新制度的培訓方案，即將啟動新制度的培訓工作，并指導各地方、各部門根據(jù)實際情況開展培訓，同時，要求各單位加強對新制度的學習，結(jié)合新制度的規(guī)定，完善內(nèi)部財務管理辦法，做好新舊制度的銜接工作等。