按照增值稅條例規(guī)定，為生產(chǎn)免稅貨物而耗用的原材料的進(jìn)項(xiàng)稅額不得抵扣，也就是要將這部分進(jìn)項(xiàng)稅轉(zhuǎn)出計(jì)入成本。但是在購(gòu)進(jìn)項(xiàng)目部分用于應(yīng)稅項(xiàng)目部分用于免稅項(xiàng)目的情況下，對(duì)于免稅項(xiàng)目應(yīng)轉(zhuǎn)出的進(jìn)項(xiàng)稅額，普遍認(rèn)為比較科學(xué)的方法是采用銷售額比例法，即用免稅項(xiàng)目的銷售額占總銷售額的比例來計(jì)算分?jǐn)倯?yīng)轉(zhuǎn)出的進(jìn)項(xiàng)稅額。會(huì)計(jì)分錄如下：
借：主營(yíng)業(yè)務(wù)成本
貸：應(yīng)交稅費(fèi)——應(yīng)交增值稅（進(jìn)項(xiàng)稅額轉(zhuǎn)出）
按照增值稅專用發(fā)票管理規(guī)定，銷售免稅項(xiàng)目除國(guó)家另有規(guī)定外，不得開具專用發(fā)票。有人認(rèn)為，免稅項(xiàng)目在會(huì)計(jì)處理時(shí)，不產(chǎn)生應(yīng)交稅費(fèi)的貸項(xiàng)。但從計(jì)稅原理上說，增值稅是對(duì)商品生產(chǎn)和流通各個(gè)環(huán)節(jié)的新增價(jià)值或附加值進(jìn)行征稅。免稅項(xiàng)目在流轉(zhuǎn)過程中仍然會(huì)有新增價(jià)值，即仍然負(fù)有納稅義務(wù)，而免稅則是國(guó)家出于特定目的將本該征繳的稅額不予征繳，作為國(guó)家對(duì)納稅人的一種“補(bǔ)貼”；而且，增值稅實(shí)行稅負(fù)轉(zhuǎn)嫁，納稅人和負(fù)稅人可能不是同一主體，所以，這里的免稅只能是針對(duì)納稅人而言，而負(fù)稅人則不一定享有這種優(yōu)惠，即納稅人銷售免稅項(xiàng)目，盡管不能開具增值稅專用發(fā)票，但其開具給買方的普通發(fā)票金額應(yīng)該是銷售額和銷項(xiàng)稅額的合計(jì)數(shù)，并且按合計(jì)數(shù)收取款項(xiàng)。如果不向購(gòu)買方收取銷項(xiàng)稅額，納稅人的“補(bǔ)貼收入”又從何而來呢？所以，會(huì)計(jì)分錄如下：
借：銀行存款或應(yīng)收賬款
貸：主營(yíng)業(yè)務(wù)收入（不含稅收入）
應(yīng)交稅費(fèi)——應(yīng)交增值稅（銷項(xiàng)稅額）
同時(shí)，再將銷項(xiàng)稅額中的金額作為應(yīng)免征的稅額進(jìn)行結(jié)轉(zhuǎn)，會(huì)計(jì)分錄為：
借：應(yīng)交稅費(fèi)——應(yīng)交增值稅（減免稅款）
貸：主營(yíng)業(yè)務(wù)收入
這樣處理的理由是：在《企業(yè)會(huì)計(jì)準(zhǔn)則第16號(hào)——政府補(bǔ)助》應(yīng)用指南的第二條第三款中明確規(guī)定：“除稅收返還外，稅收優(yōu)惠還包括直接減征、免征、增加計(jì)稅抵扣額、抵免部分稅額等形式。這類稅收優(yōu)惠并未直接向企業(yè)無償提供資產(chǎn)， 不作為本準(zhǔn)則規(guī)范的政府補(bǔ)助。”據(jù)此，我們可以肯定直接免征增值稅的優(yōu)惠不能按照政府補(bǔ)助進(jìn)行會(huì)計(jì)處理。在排除了“政府補(bǔ)助”的會(huì)計(jì)處理方式后，仍然沒有相關(guān)的指導(dǎo)性文件來明確此類稅收優(yōu)惠的會(huì)計(jì)處理。因此仍存在會(huì)計(jì)處理困境。再根據(jù)《企業(yè)會(huì)計(jì)準(zhǔn)則第14號(hào)——收入》對(duì)收入的定義：“收入，是指企業(yè)在日�；顒�(dòng)中形成的、會(huì)導(dǎo)致所有者權(quán)益增加的、與所有者投入資本無關(guān)的經(jīng)濟(jì)利益的總流入”，企業(yè)享受增值稅直接免征形成的經(jīng)濟(jì)利益流入應(yīng)該是完全符合收入的定義，因此應(yīng)該將其納入收入的范疇。根據(jù)財(cái)政部會(huì)計(jì)司司長(zhǎng)劉玉廷同志的《關(guān)于企業(yè)會(huì)計(jì)準(zhǔn)則體系幾個(gè)具體問題的說明》中對(duì)收入和費(fèi)用的定性：“收入或費(fèi)用突出日常活動(dòng)，只有企業(yè)日�；顒�(dòng)形成的經(jīng)濟(jì)利益的流入或流出才構(gòu)成營(yíng)業(yè)收入或成本，非日常活動(dòng)形成的經(jīng)濟(jì)利益流入或流出屬于利得或損失，計(jì)入營(yíng)業(yè)外收入或支出。”根據(jù)這一段對(duì)收入的明確定性分類，我們不難看出，企業(yè)免征增值稅形成的收入是與企業(yè)日�；顒�(dòng)密不可分的。所以企業(yè)免征增值稅形成的收入應(yīng)該列入企業(yè)的“營(yíng)業(yè)收入”，并且是“主營(yíng)業(yè)務(wù)收入”。
二、如果納稅人銷售的項(xiàng)目全部免征增值稅
如果納稅人銷售的項(xiàng)目全部屬于增值稅的免稅項(xiàng)目，有兩種情況：
1.如果納稅人開始購(gòu)進(jìn)貨物或者勞務(wù)時(shí)不準(zhǔn)備或者不明確要用于免稅項(xiàng)目，而且生產(chǎn)過程中其用途發(fā)生了改變，最終全部用于免稅項(xiàng)目，即納稅人對(duì)外銷售的全部是增值稅免稅項(xiàng)目，其會(huì)計(jì)處理可比照第（一）種情況進(jìn)行。
2.如果納稅人購(gòu)進(jìn)貨物或勞務(wù)時(shí)已經(jīng)明確要用于免稅項(xiàng)目的生產(chǎn)或者銷售，其購(gòu)進(jìn)項(xiàng)目的進(jìn)項(xiàng)稅額應(yīng)計(jì)入采購(gòu)成本，因而也不存在進(jìn)項(xiàng)稅額轉(zhuǎn)出以及減免稅款等問題。