根據《財政部、國家稅務總局關于企業(yè)重組業(yè)務企業(yè)所得稅處理若干問題的通知》（財稅[2009]59號）文的規(guī)定，為保持權益的連續(xù)性，對于符合特殊性稅務處理的企業(yè)重組，股權支付金額不得低于其交易支付總額的85%。 59號文所稱股權支付，是指企業(yè)重組中購買、換取資產的一方支付的對價中，以本企業(yè)或其控股企業(yè)的股權、股份作為支付的形式。這里，我們需要注意的是，59號文所稱的股權支付包括兩種形式，一種是本企業(yè)自身的股權，而另一種則是其控股企業(yè)的股權，這里“其控股企業(yè)的股權”指的是直接持有或控制50%以上本企業(yè)股份的企業(yè)的股權，也就是其控股母公司的股權。
對于以本企業(yè)股權作為支付對價的企業(yè)重組行為大家應該能夠理解。但是，對于在企業(yè)重組中，重組方用其控股母公司的股權作為支付對價進行企業(yè)重組應該如何處理大家往往感覺有些困惑。本文的主要目的就是和大家分析一下，對于在企業(yè)重組中，涉及以其控股企業(yè)股權作為支付對價的企業(yè)重組應該如何進行特殊性稅務處理。
我們分析了59號文所列舉的企業(yè)重組中各種形式，其中可能會涉及到以其控股企業(yè)股權作為支付對價的企業(yè)重組主要包含以下三種形式：企業(yè)合并、股權收購以及資產收購。這里，我們假設59號文第五條所列的五個前提條件都能滿足，我們分別就這三種形式的企業(yè)重組來分析一下以其控股企業(yè)股權作為支付對價如何進行特殊性稅務處理。
一、企業(yè)合并對于企業(yè)合并的特殊性稅務處理，59號文規(guī)定：企業(yè)股東在該企業(yè)合并發(fā)生時取得的股權支付金額不低于其交易支付總額的85%.我們舉一個案例來分析一下：甲公司為一家上市公司，其中甲公司旗下有一家控股90%的服裝制造企業(yè)A公司。A公司計劃吸收合并另一家服裝制造企業(yè)B公司。在談判中，B公司的股東不接受A公司以其股權作為支付對價進行吸收合并，而要求A公司以其控股企業(yè)甲公司的股權作為支付對價。
上面這個案例就是我們所說的用其控股企業(yè)股權作為支付對價的企業(yè)重組。在實踐中，我們可通過如下三個步驟來實現：
第一步：上市公司甲公司和B公司簽訂一份股權收購協議，約定以甲公司股份作為支付對價收購B公司股東所持有的B公司100%的股權。
第二步：收購完成后，B公司成為甲公司的全資子公司，即甲公司持有B公司100%的股權。
第三步：A公司和B公司簽訂一份吸收合并協議，約定以A公司的股權作為支付對價吸收合并B公司。
我們來分析一下：第一步中，上市公司甲公司和B企業(yè)簽訂了一份股權收購協議，收購B公司100%的股權，且支付對價全部為甲公司的股權。這里，甲作為上市公司可以通過定向增發(fā)的途徑實現股權收購。根據59號文關于股權支付特殊性稅務處理的規(guī)定：收購企業(yè)購買的股權不低于被收購企業(yè)全部股權的75%，且收購企業(yè)在該股權收購發(fā)生時的股權支付金額不低于其交易支付總額的85%。毫無疑問，第一步的股權收購是符合特殊性稅務處理條件的。由于第一步僅僅是一個股權收購，對B公司僅僅是股東發(fā)生了變更，并不涉及B公司任何的稅務處理問題。因此，我們再來看第三步，即A公司和B公司簽訂吸收合并的協議。這里，A公司吸收合并B公司，全部以A公司的股份作為支付對價，最后B公司注銷，B公司的股東甲公司取得A公司的股權。對于這一份吸收合并協議，由于合并發(fā)生時B企業(yè)的股東甲公司取得的全部是合并方A公司的股權支付，毫無疑問，這樣一份吸收合并協議也是符合特殊性稅務處理條件的。
綜上所述，我們發(fā)現，雖然通過這三步處理，但最終A企業(yè)是通過支付自身股權的形式實現了對B企業(yè)的吸收合并。因此，特殊性稅務處理的核心要件，權益的連續(xù)性得到了滿足。這里有一個問題可能會引起大家注意：59號文第五條規(guī)定，在符合條件的特殊性稅務處理中，取得股權支付的原主要股東，在重組后連續(xù)12個月內，不得轉讓所取得的股權。因此，甲公司通過股權收購取得B公司股權收購后，如果立刻和A公司簽訂關于B公司的吸收合并協議，似乎不符合該條規(guī)定。但是，根據59號文第十條的規(guī)定：企業(yè)在重組發(fā)生前后連續(xù)12個月內分步對其資產、股權進行交易，應根據實質重于形式原則將上述交易作為一項企業(yè)重組交易進行處理。由于B企業(yè)的股東不愿意取得A企業(yè)股權作為支付對價，因此只有讓A企業(yè)控股公司甲企業(yè)先通過股權收購形式將B企業(yè)的原股東從B企業(yè)置換出去才能進行下一步A企業(yè)對B企業(yè)的吸收合并，因此，這三步交易應該從分步交易原則出發(fā)，在實質上應認定為一項企業(yè)重組行為。
二、股權收購對于股權收購的特殊性稅務處理，59號文規(guī)定：收購企業(yè)購買的股權不低于被收購企業(yè)全部股權的75%，且收購企業(yè)在該股權收購發(fā)生時的股權支付金額不低于其交易支付總額的85%.我們同樣以上面那個案例為例：這里我們變?yōu)锳公司需要收購B公司100%的股權，使B公司成為A公司的全資子公司，但B公司的股東要求A公司用其母公司甲公司的股權作為支付對價。
同樣，我們仍然可以按如下三個步驟來實現：
第一步：上市公司甲公司和B公司簽訂一份股權收購協議，約定以甲公司股權作為支付對價收購B公司股東所持有的B公司100%的股權。
第二步：收購完成后，B公司成為甲公司的全資子公司，即甲公司持有B公司100%的股權。
第三步：A公司和B公司簽訂一份股權收購協議，約定以A公司的股權作為支付對價收購B公司100%的股權。
同樣，我們分析過第一步的股權收購協議符合特殊性稅務處理的條件。在第三步中，A公司收購B公司100%的股權，且支付對價全部為A公司股權，也符合股權收購的特殊性稅務處理的條件。
三、資產收購對于資產收購的特殊性稅務處理，59號文規(guī)定：受讓企業(yè)收購的資產不低于轉讓企業(yè)全部資產的75%，且受讓企業(yè)在該資產收購發(fā)生時的股權支付金額不低于其交易支付總額的85%。仍然用這個案例，這里假設A公司需要收購B公司涉及服裝制造的經營性資產，這些資產占B企業(yè)全部資產的90%。此時，如果要用A公司控股企業(yè)的股權作為支付對價的話，理論上也是需要按如下三個步驟走：
第一步：上市公司甲公司和B公司簽訂一份股權收購協議，約定以甲公司股權作為支付對價收購B公司股東所持有的B公司100%的股權。
第二步：收購完成后，B公司成為甲公司的全資子公司，即甲公司持有B公司100%的股權。
第三步：A公司和B公司簽訂一份資產收購協議，約定以A公司的股權作為支付對價收購B公司90%的服裝制造資產這里，我們說理論上這樣做的原因是，在實際的企業(yè)重組中，收購方只愿意采用資產收購而不愿意采用吸收合并或股權收購的主要原因是，考慮到被收購方可能有很多隱性債務的情況，或涉及到被收購方有大量的人員需要安置的情況，收購方為避免因收購而承擔被收購方各種隱性的債務，會極力會去避免成為被收購方的股東。
因此，資產收購就成為了經權衡后的最佳重組形式。但是，按照我們上述的三個步驟處理，A企業(yè)的控股公司甲公司將不可避免的成為了B公司的控股股東，這是甲公司和A公司都不愿意見到的。
在這種情況下，還有一種方法就是由甲公司和B企業(yè)簽訂資產收購協議，然后A公司再和甲公司簽訂資產收購協定。這里，除了資產兩次過戶可能涉及的流轉稅問題外，由于在A公司和甲公司就其收購的B公司資產簽訂資產收購協議時，即使A公司全部以其股權作為支付對價，但由于這部分資產不大可能占到甲公司資產的75%，就不符合特殊性稅務處理條件，全部的資產增值全部要在這道環(huán)節(jié)實現，這樣就失去了籌劃的意義。
因此，在資產收購的企業(yè)重組中，一般不會涉及到以控股企業(yè)股權作為支付對價的重組形式。