企業(yè)因歇業(yè)、解散、撤銷等情形，注銷稅務登記和注銷登記等情況時有發(fā)生。企業(yè)注銷登記時都或多或少有存貨〔原材料、包裝物、低值易耗品、半成品、產(chǎn)成品、商品、分期收款發(fā)出商品等〕留存。
對注銷登記企業(yè)的存貨如何進行稅收處理，各地的處置辦法不盡相同，目前主要有三種觀點：一是作進項稅額轉(zhuǎn)出，調(diào)整應納稅額；二是視同銷售，就整個存貨留抵稅額補稅；三是分別情況作出處理。對于這三種方法的運用主要看企業(yè)注銷的原因：
一、一般納稅人在企業(yè)注銷時的存貨處理方法
一般納稅人企業(yè)申請注銷稅務登記時，如果企業(yè)銷項稅金大于進項稅金，并且按注銷企業(yè)的有關(guān)政策規(guī)定交納增值稅后，企業(yè)還有存貨余額的，其存貨余額部分應按存貨的適用稅率計算補交已抵扣的稅款，因為存貨在當初購進時其進項稅金已作了抵扣，減少了當期應交稅金，既然現(xiàn)存貨已經(jīng)退出了企業(yè)的經(jīng)營活動，所以要對先期已抵扣的進項稅進行調(diào)整。這不僅符合增值稅的立法原則，而且也能避免稅收流失，同時也可防止企業(yè)利用高存貨增大抵扣稅金偷逃稅款。
企業(yè)依法注銷同時取消增值稅一般納稅人資格，說明企業(yè)將不再存續(xù)，此時清算應注意，企業(yè)對所有的資產(chǎn)包括存貨是如何處理的，如果分配給股東或投資者，則應視同銷售；如果無償贈送他人，則應視同銷售；如果已沒有使用價值而廢棄或盤虧，應作非正常損失，作進項稅額轉(zhuǎn)出，補繳稅金。
二、小規(guī)模納稅人在企業(yè)注銷時的存貨處理方法
由于小規(guī)模納稅人企業(yè)在政策上的特殊性，因此小規(guī)模納稅人企業(yè)購進貨物無論是否取得增值稅專用發(fā)票，其支付的增值稅額均不得進入進項稅額，不得由銷項稅額抵扣，而應計入購貨成本。因此，經(jīng)核實其存貨屬正常范圍的（即平時稅負正常，存貨帳實相符，無虛假），不應作進項稅轉(zhuǎn)出或計提銷項稅等征稅處理。小規(guī)模納稅人企業(yè)注銷時，其存貨不作納稅調(diào)整。
三、一般納稅人劃轉(zhuǎn)為小規(guī)模納稅人時的存貨處理方法
按稅收政策規(guī)定，年應征增值稅銷售額在180萬元以下的從事貨物批發(fā)或零售的一般納稅人以及年應征增值稅銷售額在100萬元以下的從事貨物生產(chǎn)或提供應稅勞務的一般納稅人應劃轉(zhuǎn)為小規(guī)模納稅人企業(yè)進行管理。取消一般納稅人資格轉(zhuǎn)為小規(guī)模納稅人其存貨性質(zhì)未發(fā)生變化，作進項稅額轉(zhuǎn)出是沒有法律依據(jù)的，如果在劃轉(zhuǎn)時，企業(yè)銷項稅大于進項稅，且企業(yè)有存貨余額的，應先按存貨購進原價進行價稅分離，分離出的增值稅額應計入原一般納稅人的銷項稅金中去，再按原存貨的購進價稅合計金額計入劃轉(zhuǎn)后的小規(guī)模納稅人企業(yè)存貨賬簿中。
四、小規(guī)模納稅人轉(zhuǎn)為一般納稅人時的存貨處理方法
按稅收政策規(guī)定，年應征增值稅銷售額在達到180萬元以上的從事貨物批發(fā)或零售的小規(guī)模納稅人和年應征增值稅銷售額在達到100萬元以上的從事貨物生產(chǎn)或提供應稅勞務的小規(guī)模納稅人，應劃轉(zhuǎn)為一般納稅人企業(yè)進行管理。在劃轉(zhuǎn)時，如果小規(guī)模納稅人有存貨余額的，由于小規(guī)模納稅人不具有增值稅專用發(fā)票的使用權(quán)，而劃轉(zhuǎn)后的一般納稅人購進貨物的進項稅可以抵扣，因此原小規(guī)模納稅人可依存貨購進價稅合計金額到稅務機關(guān)服務窗口開具增值稅專用發(fā)票，并按政策規(guī)定完稅，新劃轉(zhuǎn)的一般納稅人企業(yè)可將取得的稅務機關(guān)開立的增值稅專用發(fā)票上注明的增值稅款進行抵扣。
五、企業(yè)注銷后再銷售存貨的處理方法
一般納稅人企業(yè)和小規(guī)模納稅人企業(yè)注銷稅務登記后，企業(yè)已不能再進行經(jīng)營活動了，如果企業(yè)存貨沒有處理完畢，過一段時間后還有存貨需要銷售時，應持購貨單位的結(jié)算證明和雙方的購銷協(xié)議，到稅務機關(guān)開立普通發(fā)票，并按稅收政策規(guī)定按征收率交納稅款。