高新技術企業(yè)認定的程序如下：
（一）企業(yè)自我評價及申請
企業(yè)登錄“高新技術企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”，對照本辦法第十條規(guī)定條件，進行自我評價。認為符合認定條件的，企業(yè)可向認定機構提出認定申請。
（二）提交下列申請材料
1. 高新技術企業(yè)認定申請書；
2. 企業(yè)營業(yè)執(zhí)照副本、稅務登記證（復印件）；
3. 知識產(chǎn)權證書（獨占許可合同），新產(chǎn)品或新技術證明（查新）材料、產(chǎn)品質量檢驗報告、省級以上科技計劃立項證明，以及其他相關證明材料；
4. 企業(yè)職工人數(shù)、學歷結構以及研發(fā)人員占企業(yè)職工的比例說明；
5. 經(jīng)具有資質的中介機構鑒證的企業(yè)近三個會計年度研究開發(fā)費用情況表（實際年限不足三年的按實際經(jīng)營年限），并附研究開發(fā)活動說明材料；
6. 經(jīng)具有資質的中介機構鑒證的企業(yè)近三個會計年度的財務報表（含資產(chǎn)負債表、損益表、現(xiàn)金流量表，實際年限不足三年的按實際經(jīng)營年限）以及技術性收入的情況表。
（三）合規(guī)性審查
認定機構應建立高新技術企業(yè)認定評審專家?guī)?依據(jù)企業(yè)的申請材料，抽取專家?guī)靸葘＜覍ι陥笃髽I(yè)進行審查，提出認定意見。
（四）認定、公示與備案
認定機構對企業(yè)進行認定。經(jīng)認定的高新技術企業(yè)在“高新技術企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”上公示15個工作日，沒有異議的，報送領導小組辦公室備案，在“高新技術企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”上公告認定結果，并向企業(yè)頒發(fā)統(tǒng)一印制的“高新技術企業(yè)證書”。
第十二條 高新技術企業(yè)資格自頒發(fā)證書之日起有效期為三年。企業(yè)應在期滿前三個月內提出復審申請，不提出復審申請或復審不合格的，其高新技術企業(yè)資格到期自動失效。
第十三條 高新技術企業(yè)復審須提交近三年開展研究開發(fā)等技術創(chuàng)新活動的報告。
復審時應重點審查第十條(四)款，對符合條件的，按照第十一條（四）款進行公示與備案。
通過復審的高新技術企業(yè)資格有效期為三年。期滿后，企業(yè)再次提出認定申請的，按本辦法第十一條的規(guī)定辦理。
第十四條 高新技術企業(yè)經(jīng)營業(yè)務、生產(chǎn)技術活動等發(fā)生重大變化（如并購、重組、轉業(yè)等）的，應在十五日內向認定管理機構報告；變化后不符合本辦法規(guī)定條件的，應自當年起終止其高新技術企業(yè)資格;需要申請高新技術企業(yè)認定的，按本辦法第十一條的規(guī)定辦理。
高新技術企業(yè)更名的，由認定機構確認并經(jīng)公示、備案后重新核發(fā)認定證書，編號與有效期不變。