隨著2009年稅務總局對60個納稅大戶分二批布置自查并進行抽查工作的開展，“保護稅務價值、應對稅務危機”已被眾多公司提升到董事會的決策日程上，這樣的做法是值得肯定的。但由于其下屬公司分散在全國各地，在應對稅務爭議的過程中，各企業(yè)所采取的應對措施，還有很多需要改進的方面。
當企業(yè)按照稅務局布置的自查提綱進行自查時，這其中就有，若經(jīng)過相關資料的補充和說明，可以不作為納稅調(diào)整和補稅的項目來對待。但由于稅務機關保持一個比較強勢的態(tài)度，以及公司稅務崗位人員所接受的培訓和教育，更多的是告知如何遵守稅收政策和法律，所以造成企業(yè)在與稅務機關討論相關涉稅業(yè)務時，企業(yè)更多是從合理性和習慣性去爭辯，而沒有從政策出臺的背景，以及政策運用的范圍和尺度與稅務機關討論，最終談判的結果是被動的接受稅務機關所做出的決定。還有更多的企業(yè)是采取找熟人、托關系的方法來解決稅務爭議，結果，錢沒少花，人情欠了一大堆，在自認為賺了很大便宜的情況下，還是多交了很多的稅款。
其實，我國的稅法還沒有像其它法律一樣達到相對完整的地步，這就意味著在出現(xiàn)稅務爭議或稅務危機時，稅企雙方可以談判的空間還是有的。而由于國家對公務員監(jiān)管力度的加大，讓自認為與稅務機關保持良好關系的那些稅務局長或科長冒更大的風險為企業(yè)說話，是件不太可能的事。通過把領導搞定從而達到逃稅和節(jié)稅的目的，在當今中國是一件越來越困難的事了。而隨著稅總投資近百億金稅三期工程的建立，想通過打通稅務上的一個環(huán)節(jié)來解決一件事的這種做法已越來越不可能了。
理解稅法一定要從一項稅收政策的立法、執(zhí)法、司法三個角度來同時考慮才算完整，而稅務機關只是作為其中執(zhí)法這個環(huán)節(jié)，在運用和執(zhí)行稅收政策方面也是有一定的局限性。法律面前人人平等，稅法也是如此。所以在“讀懂稅法”的前提下，找合適的人、辦合適的事才是關鍵。
稅務爭議，納稅人要在保護稅務價值的基礎上，“有條件的選擇投降”。