我國土地增值稅征收一般是采取先預(yù)征后清算的征收管理辦法。與企業(yè)所得稅按年度匯算清繳不同的是，土地增值稅清算是對單個開發(fā)項(xiàng)目進(jìn)行清算，其清算時限主要是受項(xiàng)目開發(fā)銷售時間的影響，不受年度的限制，且開發(fā)項(xiàng)目有增值額則納稅，無增值額則不納稅。本文針對該稅種的清算提出以下五個關(guān)鍵點(diǎn)。
第一是要注意清算的時限。
我們可以這樣理解：清算之前都是預(yù)繳；達(dá)到清算時限條件時則不再預(yù)繳，必須按規(guī)定進(jìn)行清算，多退少補(bǔ)。
土地增值稅清算分為兩種情況：一是納稅人應(yīng)該主動進(jìn)行清算；二是由稅務(wù)機(jī)關(guān)要求納稅人清算。對于前者是納稅人的法定義務(wù)，不清算則要受到處罰。而對于后者，稅務(wù)機(jī)關(guān)不要求納稅人清算的，則可以不必主動進(jìn)行清算。
《國家稅務(wù)總局關(guān)于房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)土地增值稅清算管理有關(guān)問題的通知》（國稅發(fā)〔2006〕187號）規(guī)定：
（一）符合下列情形之一的，納稅人應(yīng)進(jìn)行土地增值稅的清算：
1.房地產(chǎn)開發(fā)項(xiàng)目全部竣工、完成銷售的；
2.整體轉(zhuǎn)讓未竣工決算房地產(chǎn)開發(fā)項(xiàng)目的；
3.直接轉(zhuǎn)讓土地使用權(quán)的。
�。ǘ┓舷铝星樾沃坏�，主管稅務(wù)機(jī)關(guān)可要求納稅人進(jìn)行土地增值稅清算：
1.已竣工驗(yàn)收的房地產(chǎn)開發(fā)項(xiàng)目，已轉(zhuǎn)讓的房地產(chǎn)建筑面積占整個項(xiàng)目可售建筑面積的比例在85%以上，或該比例雖未超過85%,但剩余的可售建筑面積已經(jīng)出租或自用的；
2.取得銷售（預(yù)售）許可證滿三年仍未銷售完畢的；
3.納稅人申請注銷稅務(wù)登記但未辦理土地增值稅清算手續(xù)的；
4.省稅務(wù)機(jī)關(guān)規(guī)定的其他情況。
第二是要劃分清算單位。
以什么單位作為清算單位也是土地增值稅清算需要把握的關(guān)鍵。因?yàn)閷σ粋�開發(fā)項(xiàng)目中劃分不同的清算單位，會產(chǎn)生不同的清算結(jié)果�！锻恋卦鲋刀悤盒袟l例實(shí)施細(xì)則》第八條規(guī)定：土地增值稅以納稅人房地產(chǎn)成本核算的最基本的核算項(xiàng)目或核算對象為單位計算。但是納稅人在最基本核算項(xiàng)目或核算對象中，有些開發(fā)產(chǎn)品是免稅的（如增值率不超過20%的普通標(biāo)準(zhǔn)住宅），有些是應(yīng)稅的，因此，稅法要求，對于這種情況還要細(xì)分清算項(xiàng)目�！秶叶悇�(wù)總局關(guān)于房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)土地增值稅清算管理有關(guān)問題的通知》（國稅發(fā)〔2006〕187號）就清算單位問題規(guī)定，土地增值稅以國家有關(guān)部門審批的房地產(chǎn)開發(fā)項(xiàng)目為單位進(jìn)行清算，對于分期開發(fā)的項(xiàng)目，以分期項(xiàng)目為單位清算。開發(fā)項(xiàng)目中同時包含普通住宅和非普通住宅的，應(yīng)分別計算增值額。對于一個核算項(xiàng)目或核算單位中，納稅人不分開計算增值額的，則免稅開發(fā)產(chǎn)品不能享受免稅政策。
第三是要掌握扣除項(xiàng)目分?jǐn)傄罁?jù)。
房地產(chǎn)開發(fā)項(xiàng)目的扣除項(xiàng)目雖然是按開發(fā)項(xiàng)目的實(shí)際成本歸集計算的，但有些扣除項(xiàng)目（如基礎(chǔ)設(shè)施費(fèi)、配套設(shè)施費(fèi)等）不是直接屬于某一個項(xiàng)目的，需要由多個清算項(xiàng)目共同享用的，這就需要將這些需要共同分擔(dān)的成本費(fèi)用通過合理的方法歸入每個清算項(xiàng)目。土地增值稅不同清算項(xiàng)目共同的成本費(fèi)用分?jǐn)傊饕皇前错?xiàng)目建筑面積，也不是按項(xiàng)目實(shí)際占用面積，而是按可售面積分?jǐn)偂惏l(fā)〔2006〕187號規(guī)定，屬于多個房地產(chǎn)項(xiàng)目共同的成本費(fèi)用，應(yīng)按清算項(xiàng)目可售建筑面積占多個項(xiàng)目可售總建筑面積的比例或其他合理的方法，計算確定清算項(xiàng)目的扣除金額。
第四是利息計算有特別規(guī)定。
首先，開發(fā)項(xiàng)目的利息支出與企業(yè)所得稅計算不同，它不能夠資本化處理，即不能計入開發(fā)成本，更不能作為加計扣除基數(shù)。企業(yè)在會計上已經(jīng)將開發(fā)成本完工前的利息實(shí)行資本化處理的，在計算土地增值稅時需要調(diào)整出來單獨(dú)計算。其次，單獨(dú)計算清算項(xiàng)目的利息支出時，有兩種方法。
《土地增值稅暫行條例實(shí)施細(xì)則》第七條規(guī)定，利息支出，凡能夠按轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)項(xiàng)目計算分?jǐn)偛⑻峁?a href="http://m.galtzs.cn/web/licai/" target="_blank" class="bule">金融機(jī)構(gòu)證明的，允許據(jù)實(shí)扣除，但最高不能超過按商業(yè)銀行同類同期貸款利率計算的金額。其他房地產(chǎn)開發(fā)費(fèi)用（即管理費(fèi)用和銷售費(fèi)用），按土地價款和開發(fā)成本計算的金額之和的5%以內(nèi)計算扣除。凡不能按轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)項(xiàng)目計算分?jǐn)偫⒅С龌虿荒芴峁┙鹑跈C(jī)構(gòu)證明的，房地產(chǎn)開發(fā)費(fèi)用按土地價款和開發(fā)成本計算的金額之和的10%以內(nèi)計算扣除。
第五是只要是開發(fā)房地產(chǎn)的納稅人，就可以享受加計20%扣除。
《土地增值稅暫行條例實(shí)施細(xì)則》第七條就增值稅扣除項(xiàng)目規(guī)定，根據(jù)條例第六條（五）項(xiàng)規(guī)定，對從事房地產(chǎn)開發(fā)的納稅人可按本條（一）、（二）項(xiàng)規(guī)定計算的金額之和，加計20%的扣除。根據(jù)條例第六條（五）項(xiàng)規(guī)定是指"財政部規(guī)定的其他扣除項(xiàng)目",而（一）、（二）項(xiàng)則是指"取得土地使用權(quán)所支付的金額"和"開發(fā)土地和新建房及配套設(shè)施的成本".對于這條規(guī)定，有的人認(rèn)為只有具備房地產(chǎn)開發(fā)資質(zhì)的企業(yè)開發(fā)的房地產(chǎn)項(xiàng)目，才可以享受加計20%扣除，而其他企業(yè)開發(fā)房地產(chǎn)項(xiàng)目的，由于不具備開發(fā)資質(zhì)，所以不能享受。其實(shí)，上述稅法規(guī)定中并未強(qiáng)調(diào)"資質(zhì)"條件，也就是說，無論是否具有房地產(chǎn)開發(fā)資質(zhì)，只要是開發(fā)了房地產(chǎn)項(xiàng)目的企業(yè)，均可以實(shí)行扣除項(xiàng)目加計扣除。