企業(yè)所得稅法實施前的企業(yè)所得稅匯算清繳，一般都是納稅人將收入總額和扣除項目金額按照稅法的規(guī)定調(diào)整后，填制年度所得稅納稅申報表，連同財務(wù)決算報告一并在匯算清繳期內(nèi)向主管稅務(wù)機關(guān)進行申報，結(jié)清應(yīng)補、應(yīng)退稅款即可。
而企業(yè)所得稅法實施后，企業(yè)所得稅匯算清繳將按照《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》和《特別納稅調(diào)整實施辦法（試行）》的規(guī)定操作，與以前有所不同，除報送年度所得稅納稅申報表和財務(wù)決算報告外，還要進行關(guān)聯(lián)申報和準備同期資料。在這兩個環(huán)節(jié)中，企業(yè)需要格外注意如下要點以減少失誤。
注意關(guān)聯(lián)申報的認定、時限與內(nèi)容
關(guān)聯(lián)申報是稅務(wù)機關(guān)進行轉(zhuǎn)讓定價調(diào)查、審查關(guān)聯(lián)交易價格是否 合理、決定是否對應(yīng)納稅款做出調(diào)整的重要依據(jù)，企業(yè)必須高度重視。
首先，企業(yè)要弄清交易雙方是否存在稅法規(guī)定上的關(guān)聯(lián)關(guān)系。在企業(yè)所得稅法實施條例中，提出了判斷是否存在關(guān)聯(lián)關(guān)系的3個條件，《特別納稅調(diào)整實施辦法（試行）》又將其擴展為8個條件。在操作中，企業(yè)應(yīng)一一對照與其交易的一方是否存在稅法規(guī)定上的關(guān)聯(lián)關(guān)系，如果符合其中一個條件，就應(yīng)該將與其發(fā)生的交易確定為關(guān)聯(lián)申報的內(nèi)容，否則就不必進行關(guān)聯(lián)申報。
其次，企業(yè)需注意關(guān)聯(lián)申報的時間規(guī)定。根據(jù)企業(yè)所得稅法規(guī)定，企業(yè)在向稅務(wù)機關(guān)報送年度企業(yè)所得稅納稅申報表時，應(yīng)該同時附送企業(yè)年度關(guān)聯(lián)業(yè)務(wù)往來報告表。也就是說，企業(yè)進行關(guān)聯(lián)申報的時間應(yīng)該與辦理年度所得稅匯算清繳申報同時進行，即應(yīng)該在年度終了后次年的5月31日前進行。
最后，企業(yè)應(yīng)注意關(guān)聯(lián)申報的內(nèi)容和申報方法。根據(jù)《特別納稅調(diào) 整實施辦法（試行）》規(guī)定，納稅人進行關(guān)聯(lián)申報的內(nèi)容包括有形資產(chǎn)的購銷、轉(zhuǎn)讓和使用（房屋建筑物、交通工具、機器設(shè)備、工具、商品、產(chǎn)品等有形資產(chǎn)的購銷、轉(zhuǎn)讓和租賃）、無形資產(chǎn)的轉(zhuǎn)讓和使用（土地使用權(quán)、版權(quán)、著作權(quán)、專利、商標、客戶名單、營銷渠道、牌號、商業(yè)秘密和專有技術(shù)等特許權(quán)以及工業(yè)品外觀設(shè)計或?qū)嵱眯滦偷裙I(yè)產(chǎn)權(quán)的所有權(quán)轉(zhuǎn)讓和使用權(quán)的提供）、融通資金情況（各類長短期資金拆借和擔保以及各類計息預付款和延期付款業(yè)務(wù)）以及提供勞務(wù)（市場調(diào)查、行銷、管理、行政事務(wù)、技術(shù)服務(wù)、維修、設(shè)計、咨詢、代理、科研、法律、會計事務(wù)）等情況。申報方法主要是將上述內(nèi)容一一對應(yīng)填入《關(guān)聯(lián)關(guān)系表》、《關(guān)聯(lián)交易匯總表》、《購銷表》、《勞務(wù)表》、《無形資產(chǎn)表》、《固定資產(chǎn)表》、《融通資金表》、《對外投資情況表》以及《對外支付款項情況表》等報表相應(yīng)欄目，再與年度企業(yè)所得稅納稅申報表、財務(wù)決算報告一同報主管稅務(wù)機關(guān)。
注意準備同期資料的時限、內(nèi)容與免除條件
同期資料與關(guān)聯(lián)申報密切相關(guān)，也是進行轉(zhuǎn)讓定價調(diào)查、審查關(guān)聯(lián)交易價格是否合理的依據(jù)，即有關(guān)聯(lián)申報業(yè)務(wù)的企業(yè)一般就應(yīng)該準備同期資料，但它與關(guān)聯(lián)申報的要求有所不同。
首先，除另有規(guī)定外，同期資料亦應(yīng)在關(guān)聯(lián)交易發(fā)生年度次年的5月31日前準備完畢，但不隨企業(yè)所得稅年度納稅申報表及關(guān)聯(lián)報告表同時報送，而只在稅務(wù)機關(guān)需要時提供。
其次，除另有規(guī)定外，年度發(fā)生的關(guān)聯(lián)購銷金額（來料加工業(yè)務(wù)按年度進出口報關(guān)價格計算）在2億元人民幣以下且其他關(guān)聯(lián)交易金額（關(guān)聯(lián)融通資金按利息收付金額計算）在4000萬元人民幣以下，或者關(guān)聯(lián)交易屬于執(zhí)行預約定價安排所涉及的范圍以及外資股份低于50％且僅與境內(nèi)關(guān)聯(lián)方發(fā)生關(guān)聯(lián)交易的企業(yè)，可免于準備同期資料。
再次，企業(yè)需準備的同期資料， 主要包括5個方面內(nèi)容：
一是組織結(jié)構(gòu)情況。包括企業(yè)所屬的企業(yè)集團相關(guān)組織結(jié)構(gòu)及股權(quán)結(jié)構(gòu)、企業(yè)關(guān)聯(lián)關(guān)系的年度變化情況、與企業(yè)發(fā)生交易的關(guān)聯(lián)方信息、各關(guān)聯(lián)方適用的具有所得稅性質(zhì)的稅種與稅率及相應(yīng)可享受的稅收優(yōu)惠等。
二是生產(chǎn)經(jīng)營情況。包括企業(yè)的業(yè)務(wù)概況、主營業(yè)務(wù)構(gòu)成、所處的行業(yè)地位及相關(guān)市場競爭環(huán)境的分析、內(nèi)部組織結(jié)構(gòu)以及企業(yè)集團合并財務(wù)報表等。
三是關(guān)聯(lián)交易情況。包括關(guān)聯(lián)交易類型、參與方、時間、金額、結(jié)算貨幣、交易條件；關(guān)聯(lián)交易所采用的貿(mào)易方式、年度變化情況及其理由；關(guān)聯(lián)交易的業(yè)務(wù)流程；關(guān)聯(lián)交易所涉及的無形資產(chǎn)及其對定價的影響；與關(guān)聯(lián)交易相關(guān)的合同或協(xié)議副本及其履行情況的說明；對影響關(guān)聯(lián)交易定價的主要經(jīng)濟和法律因素的分析；以及關(guān)聯(lián)交易和非關(guān)聯(lián)交易的收入、成本、費用和利潤的劃分情況等。
四是可比性分析。包括可比性 分析所考慮的因素、可比交易的說明、可比數(shù)據(jù)的差異調(diào)整及理由以及可比信息來源選擇條件及理由等。
五是轉(zhuǎn)讓定價方法的選擇和使用情況。包括轉(zhuǎn)讓定價方法的選用及理由、可比信息如何支持所選用的轉(zhuǎn)讓定價方法、確定可比非關(guān)聯(lián)交易價格或利潤的過程中所做的假設(shè)和判斷、運用合理的轉(zhuǎn)讓定價方法和可比性分析結(jié)果、確定可比非關(guān)聯(lián)交易價格或利潤、遵循獨立交易原則的說明以及其他支持所選用轉(zhuǎn)讓定價方法的資料等。
最后，企業(yè)還應(yīng)注意保存時間。同期資料必須注明資料來源及出處，加蓋單位公章，并由法定代表人或其授權(quán)的代表簽字或蓋章后，自關(guān)聯(lián)交易發(fā)生年度的次年6月1日起保存10年。
還需要注意的是，對于沒有按照規(guī)定進行關(guān)聯(lián)申報或者沒有按規(guī)定準備、提供、保管同期資料，致使稅務(wù)機關(guān)無法進行相關(guān)分析和調(diào)查的，主管稅務(wù)機關(guān)將依法核定其應(yīng)納稅所得額，并依照征管法的有關(guān)規(guī)定對其進行處罰。