為進一步加強基金管理，控制醫(yī)療費用，讓參合農(nóng)民得到實惠，2009年，重慶市永川區(qū)新農(nóng)合對參合農(nóng)民患肺炎、急性單純性腎盂腎炎、腸梗阻、十二指腸潰瘍穿孔等10種常見病實行單病種定額付費。單病種定額付費制度是將住院病人按病種在一、二、三級醫(yī)療機構住院治療分別制定價格，按這種價格對該病種診療全過程一次性向醫(yī)療機構支付費用。即單病種實行總費用控制，在總費用控制范圍內參加新農(nóng)合的農(nóng)民可獲得定額報銷。該項制度的實施提高了參合農(nóng)民患這十個病種的報銷比例，同時對醫(yī)療機構壓縮醫(yī)院費用起到促進作用。