“十一五”期間，特別是在全國及全區(qū)科技大會召開之后，自治區(qū)黨委、政府做出了建設(shè)創(chuàng)新型內(nèi)蒙古，加大科技投入的決定，自治區(qū)本級財政大幅度加大了對科技投入的力度，應(yīng)用技術(shù)研究與開發(fā)資金在穩(wěn)步增長基礎(chǔ)上，2007年新設(shè)立自治區(qū)科技創(chuàng)新引導(dǎo)獎勵資金，采取無償補助和有償支持相結(jié)合的支持方式對高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)化項目給予支持，使自治區(qū)本級科技專項資金從2006年的8937萬元增加到2009年的38861萬元，增幅達到335%。

　　其中：應(yīng)用技術(shù)研究與開發(fā)資金（科技三項費）從2006年的8937增加到2009年的18561萬元，增幅108%；

　　科技創(chuàng)新引導(dǎo)獎勵資金從2007年新設(shè)立投入的11063萬元，增加到2008年的16243萬元和2009年的18000萬元，其中三年用于無償補助資金25306萬元，有償支持資金20000萬元；

　　另外，自治區(qū)財政改變了以往自然科學(xué)基金和知識產(chǎn)權(quán)專項資金裹在應(yīng)用技術(shù)研究與開發(fā)資金的管理模式，從2008年開始將自然科學(xué)基金和知識產(chǎn)權(quán)專項資金單獨列為預(yù)算，每年分別投入1000萬元和500萬元。