1994年，我國在財政、金融投資等領域進行了多項重大改革，財政政策在國民經濟宏觀調控中的作用得到加強，專業(yè)銀行逐步向獨立的商業(yè)銀行轉變。隨著這一新的形勢變化，財政部根據國務院批準的“三定”方案中的職責范圍，決定從1994年9月1日起，收回原委托中國人民建設銀行代行的某些財政職能。收回這一職能后，財政部門如何加強對基建投資的管理，成了急需解決的問題。

　　廈門市自成為經濟特區(qū)之后，基建規(guī)模不斷擴大，尤其是從1993年開始連續(xù)幾年推出多項為民辦實事項目，政府在開發(fā)新城區(qū)以及完善基礎設施和社會公益事業(yè)等建設中，投入了大量資金，急需強化財政對于基本建設支出的預算管理職能。

　　1994年6月，廈門市率先成立了工程預決算審核所（即廈門市財政審核中心前身）。

　　據廈門市非稅收入管理中心主任、當時負責組建審核所的林少煌介紹，審核所成立之初，面臨著重重困難。首先是職能定位。當時建委、計委以及審計等相關部門，都有相應的核算部門，比如建委有負責立項審核的總工辦，審計局也有專門的部門對竣工驗收完項目進行審計。所以在審核所成立之初，有些部門就認為沒有必要再專門成立一個機構，只需在項目需要檢查時抽調相關人員就行。也有人認為，如果要成立審核所，干脆把其他部門的相關審核職能都交給審核所，責任也由審核所承擔。為此，廈門市政府專門召集相關部門協(xié)商，明確審核所只是審財政花的錢，針對的是公益性項目，也就是政府投融資項目，其目的是減少投資浪費，少花錢、多辦事、辦好事，其他相關部門的職能并不發(fā)生任何變化。其次是人員安排。審核結果要讓項目單位心服口服，必須要有專業(yè)人才和專業(yè)水平。為此，除了從計委、建委、銀行等相關單位調配人員，審核所還聘請各領域專家作為“智囊團”。當時審核所編制僅有10個，但聘請的專家就達30多個，后來慢慢發(fā)展到60多個。

　　林少煌說，審核所開展工作之初，不但有的同級部門不理解，被審核的項目單位也不認同。有一次，審核所聘請的一位老專家到項目單位去檢查工作，發(fā)現(xiàn)該單位違規(guī)操作，于是自報家門并要求其整改，沒想到卻被施工單位人員大罵一通。說起專家的此次遭遇，林少煌至今仍感到內疚。

　　審核所試運行一年后，于1995年6月28日正式授牌，財政部經建司領導、廈門市市長及常務副市長等都到場參加授牌儀式。“當時真沒想到會有那么多領導參加，事先也沒通知，記者卻來了很多。也正是領導的重視和關心，有效推動了審核所工作的順利開展。”林少煌說。

　　1995年，廈門市出臺項目招投標相關規(guī)定，要求所有招投標標底必須由審核所審定才有效。此后又先后下發(fā)了《廈門市市級財政投資基本建設項目資金管理暫行辦法》和《廈門市財政性投融資建設項目工程預決算審核管理暫行辦法》，明確了工程預決算審核范圍和管理方式，并將審核所的職能定位為“財政職能的延伸”，以資金的使用效果來監(jiān)督政府投融資。定位明晰后，審核所的工作開展?jié)u漸順利起來。

　　作為全國首家成立的財政投資評審機構，廈門市財政審核中心不斷開拓創(chuàng)新，提出并推行了一系列強化投資管理、節(jié)省造價的新思路和新做法。如在國內率先廢除工程投標標底，改為投標預算控制價，從而增加了招投標的透明度；率先實行市場定價，打破定額本本，有效降低了工程造價；率先提出實行設計、監(jiān)理招投標，有力促進了建設市場的規(guī)范和良性發(fā)展等等。目前，中心已建立了一套完善的審核復核操作規(guī)程和內部管理制度，職能也由成立之初的單純工程預決算審核，擴展到涵蓋工程預決算、征地拆遷、財務決算、績效預算的評審。