一、防偽稅控系統(tǒng)的企業(yè)發(fā)行企業(yè)的防偽稅控開票子系統(tǒng)的專用設備使用前要經(jīng)過稅務機關的初始發(fā)行，這個操作是在稅務端企業(yè)發(fā)行模塊中完成的。
發(fā)行時初始化企業(yè)的專用稅控設備將按密碼系統(tǒng)生成每個企業(yè)自己特定的“密鑰”，按照一般納稅人認定子系統(tǒng)的發(fā)行授權(quán)信息將企業(yè)的稅號、名稱、最大開票限額等內(nèi)容寫入到被發(fā)行的稅控專用設備中，發(fā)行數(shù)據(jù)也將保存在數(shù)據(jù)庫中，作為其他業(yè)務操作的依據(jù)。稅務機關在進行發(fā)行操作時，除了要具有其本身使用的授權(quán)金稅卡和IC卡外，還需要將欲發(fā)行的企業(yè)開票卡插在發(fā)行器（或延伸板）上，進行數(shù)據(jù)的寫入。
如果企業(yè)的稅控專用設備發(fā)生丟失、損壞等情況，則需要在企業(yè)發(fā)行模塊中進行專用設備的增領、補領、更換等維護操作，在操作的同時，將相應的數(shù)據(jù)記錄到數(shù)據(jù)庫中。
如果企業(yè)基本信息需要修改，其中包括稅務登記號、企業(yè)名稱、地址、電話、銀行賬號、密碼等，企業(yè)需攜帶有關專用設備到稅務機關進行修改，修改后的內(nèi)容重新寫入專用設備和數(shù)據(jù)庫中。
如果企業(yè)需要增加開票機臺數(shù)時，需攜帶主開票機的稅控IC卡到稅務機關，稅務機關對其新增開票機的專用設備進行發(fā)行；企業(yè)要求減少開票機臺數(shù)時，需將該分開票機所使用的專用設備退回；企業(yè)發(fā)生解散、破產(chǎn)、撤銷以及其他情形時，需要將專用設備全部退回稅務機關予以銷毀。
二、防偽稅控系統(tǒng)的發(fā)票發(fā)售對防偽稅控企業(yè)銷售增值稅專用發(fā)票并對發(fā)票進行管理，是通過稅務端發(fā)票發(fā)售模塊實現(xiàn)的。
稅務機關向企業(yè)發(fā)售發(fā)票時要參照企業(yè)的發(fā)行信息，企業(yè)從防偽稅控系統(tǒng)購買發(fā)票的前提是該企業(yè)已經(jīng)發(fā)行，按照發(fā)行時對企業(yè)購票限量限次信息賣給企業(yè)發(fā)票。所謂限量就是企業(yè)每次購買發(fā)票的最大數(shù)量，限次就是企業(yè)每月購買發(fā)票的最多次數(shù)。企業(yè)在使用防偽稅控開票子系統(tǒng)過程中每次購買發(fā)票時，系統(tǒng)還會自動查驗購票企業(yè)上個月的報稅情況，如果企業(yè)上個月沒有按時報稅，就不能購得發(fā)票。
企業(yè)購買發(fā)票時需要拿著本企業(yè)的稅控IC卡，稅務機關進行操作時將企業(yè)本次購票的起始號碼和張數(shù)等內(nèi)容寫到企業(yè)稅控IC卡上。稅控IC卡只記錄一次購票信息，企業(yè)如果再次購買發(fā)票，需要將IC卡中的上一次購票信息讀入到開票系統(tǒng)后，再進行下一次購買發(fā)票。另外讀入到開票系統(tǒng)中的發(fā)票如果需要退回到稅務機關，也要在開票系統(tǒng)中先將退票信息寫到IC卡上，然后再持有退票信息的IC卡到稅務機關進行退票操作。
對于有些企業(yè)發(fā)生專用設備丟失被盜，或有些不法企業(yè)持專用設備卷逃，造成增值稅專用發(fā)票丟失時，可以采取失控發(fā)票注銷。對正常企業(yè)可以使用登記失控發(fā)票的方法，對不法企業(yè)可以根據(jù)其領購發(fā)票的情況以及已經(jīng)報稅發(fā)票的情況得到失控發(fā)票的具體信息。在數(shù)據(jù)庫中將對這些失控發(fā)票加上標記，以便進行追查。
三、防偽稅控系統(tǒng)的報稅接收防偽稅控企業(yè)按月報送的存根聯(lián)報稅信息是在稅務端報稅模塊中完成的。
每月在規(guī)定的報稅期內(nèi)，企業(yè)要將上一會計月所開發(fā)票的明細和匯總數(shù)據(jù)通過開票系統(tǒng)抄到IC卡或軟盤上，然后到稅務機關報稅。報稅模塊讀取企業(yè)的報稅數(shù)據(jù)，并對數(shù)據(jù)進行比對校驗。比對正確的數(shù)據(jù)將予以接收，提示企業(yè)報稅成功，并在企業(yè)的稅控IC卡上寫入報稅成功標志。
另外開票系統(tǒng)中的鎖死期限也是在企業(yè)報稅成功時，由報稅模塊寫入企業(yè)稅控IC卡的。所謂鎖死期限就是規(guī)定企業(yè)按時報稅的限期，在這個限期之內(nèi)如果企業(yè)沒有按時報稅，企業(yè)的開票子系統(tǒng)就會自動鎖死，不能進行開具發(fā)票等有關操作。只要企業(yè)在規(guī)定時間內(nèi)報稅成功并將報稅成功標志讀入到開票子系統(tǒng)中，系統(tǒng)就不會鎖死，解開開票子系統(tǒng)鎖死的惟一辦法就是成功報稅。一般情況下開票子系統(tǒng)的鎖死期為10天，也就是每月10號之前企業(yè)必須抄報稅，否則就會鎖死。遇到節(jié)假日時，稅務機關在報稅模塊中會事先設置好新的鎖死期限，那么企業(yè)成功報稅后，在稅控IC卡中寫入報稅成功標志的同時也寫入鎖死期限，企業(yè)進入開票系統(tǒng)時新的鎖死期限就會生效。
在報稅模塊中除了能接收企業(yè)按時報來的正常數(shù)據(jù)外，還可以接收企業(yè)由于各種原因造成的非正常情況下的報稅數(shù)據(jù)，比如軟盤補報、存根聯(lián)補錄報稅和逾期報稅等。
每月接收所轄企業(yè)的報稅數(shù)據(jù)后，稅務機關在報稅模塊中還需要將其接收的銷項發(fā)票數(shù)據(jù)按照與稽核系統(tǒng)的接口規(guī)范生成指定文件，并輸出到稽核系統(tǒng)。
四、防偽稅控系統(tǒng)的認證購貨方企業(yè)得到的防偽稅控系統(tǒng)開具的增值稅專用發(fā)票抵扣聯(lián)在抵扣之前要到稅務機關進行認證，這個操作是在稅務端的認證模塊中完成的。
抵扣聯(lián)發(fā)票票面信息可以通過掃描儀自動掃描或手工錄入得到，經(jīng)過認證識別后的發(fā)票有以下幾種認證結(jié)果：認證相符發(fā)票，發(fā)票的密文解密后與明文數(shù)據(jù)比對完全一致；密文有誤發(fā)票，發(fā)票的密文無法通過解密；認證不符發(fā)票，這種發(fā)票密文可以解密，但解密后與明文數(shù)據(jù)比對不一致；重復認證發(fā)票，這種發(fā)票是認證相符的發(fā)票，但是數(shù)據(jù)庫已經(jīng)存在此發(fā)票的認證信息，如果第二次再進行認證并要保存其認證結(jié)果時就會作為重復認證發(fā)票；無法認證發(fā)票，因褶皺、揉搓而無法識別的發(fā)票。
對于抵扣聯(lián)發(fā)票的認證數(shù)據(jù)，認證相符發(fā)票將按與稽核系統(tǒng)的接口規(guī)范生成指定文件，并向稽核系統(tǒng)輸出；認證不符和密文有誤的發(fā)票將作為問題發(fā)票按與協(xié)查系統(tǒng)的接口規(guī)范生成指定文件，并向協(xié)查系統(tǒng)輸出。
認證模塊除了完成抵扣聯(lián)發(fā)票認證這一主要業(yè)務功能外，還可以進行存根聯(lián)補錄工作。存根聯(lián)補錄的用法是這樣的，當企業(yè)開票子系統(tǒng)的專用設備和硬盤數(shù)據(jù)庫同時損壞，無法通過開票子系統(tǒng)形成報稅IC卡或磁盤數(shù)據(jù)時，企業(yè)可以持已開發(fā)票的存根聯(lián)到所屬稅務機關，將存根聯(lián)數(shù)據(jù)自動掃描或手工錄入到認證模塊中，由認證模塊形成的存根聯(lián)補錄報稅數(shù)據(jù)將直接寫在數(shù)據(jù)庫中，報稅模塊可以直接從數(shù)據(jù)庫中讀取企業(yè)的存根聯(lián)補錄報稅數(shù)據(jù)，從而完成企業(yè)的報稅。
五、防偽稅控系統(tǒng)的制約處理為了保證防偽稅控系統(tǒng)安全高效地運行，在系統(tǒng)設計上對開票子系統(tǒng)采取了一套完整的維護授權(quán)與制約機制，這種制約方式完全是從軟件功能上實現(xiàn)的，避免了人為操作的隨意性和不可靠性。企業(yè)在充分利用開票子系統(tǒng)提供的便利進行開票、抄稅等操作的同時，得到稅務機關的有效監(jiān)控和管理，從而使稅務機關嚴密掌握著增值稅專用發(fā)票的運行情況。
首先企業(yè)購買發(fā)票時要遵從其被發(fā)行時所限定的購票限量限次，不能無限制地任意購買發(fā)票。
在開票子系統(tǒng)進行發(fā)票填開時，其中的銷貨方稅號、名稱、開票日期都取自金稅卡，企業(yè)無法擅自更改，并且所開發(fā)票的合計不含稅金額不能超過所限定的最大限額。如果企業(yè)需要更改企業(yè)稅號、名稱和最大限額，經(jīng)過申請批準后，由稅務機關對其專用設備的相關數(shù)據(jù)進行重新寫入后，才能在開票時體現(xiàn)出來。為了保證增值稅專用發(fā)票嚴格按照正確時間開具，如果出現(xiàn)金稅卡中的日歷時鐘不準需要調(diào)整的情況，要先到稅務機關進行修改時鐘授權(quán)，得到授權(quán)后才可以激活相應菜單，調(diào)整時鐘。修改時鐘的授權(quán)只能使用一次，如果再次修改時鐘，還需要再到稅務機關進行授權(quán)。這樣稅務機關對企業(yè)開票子系統(tǒng)的任何變化和關鍵性操作都了如指掌，便于管理和及時發(fā)現(xiàn)問題。
系統(tǒng)對企業(yè)開票的制約不僅表現(xiàn)在購買和填開發(fā)票上，另外還制約著企業(yè)按時抄報稅。企業(yè)每月首次進入開票系統(tǒng)，進行發(fā)票填開之前必須先進行抄稅，否則不能開票。抄稅之后要在規(guī)定的時間內(nèi)（一般是每月10號之前）到稅務機關報稅，逾期不報稅，開票系統(tǒng)會自動鎖死，無法進行有關操作。解除鎖死狀態(tài)的惟一辦法就是到稅務機關報稅，報稅成功后會在企業(yè)稅控IC卡上寫入報稅成功標志，開票系統(tǒng)讀到這個標志后就會自動解鎖。如果遇到節(jié)假日需要延長鎖死期限時，也是由稅務機關在稅務端系統(tǒng)中進行相應的設置，并且在節(jié)假日之前的報稅期企業(yè)報稅成功時，寫入報稅成功標志的同時寫入新的鎖死期限天數(shù)，開票系統(tǒng)讀到這個新的鎖死期后就會生效。
